African Journal of Clinical and Experimental Microbiology

Prematurity as a secondary immunodeficiency disorder with increased risk of infections: A mini-review

R. M. Ibraheem — 2024-04-03

Prematurity significantly increases neonatal mortality in sub-Saharan Africa. Underdeveloped immune systems and prolonged hospitalization elevate the risk of secondary immunodeficiency leading to heightened vulnerability to healthcare-associated infections, including neonatal sepsis from various sources like intrauterine, intrapartum, and postnatal agents. This review explores the impact of prematurity on infection susceptibility and the role of immature immunity. A literature search using PubMed and Google Scholar identified relevant articles published between January 1980 and December 2022, focusing on terms such as "preterm," "prematurity," "neonatal sepsis," and "secondary immunodeficiency." Despite neonatal susceptibility to sepsis, accurate incidence estimates are lacking in many countries, and preterm infants face higher morbidity and mortality risks compared to full-term babies. Early-onset infections usually manifest within the first 72 hours post-delivery, while late-onset neonatal sepsis occurs after this period. Immaturity affects various immune system components, with gestational age influencing functionality. The compromised innate immune response in preterm infants involves factors such as fragile skin, reduced tear/mucus production, and low antimicrobial peptide levels. Complement deficiencies and impaired neutrophil function increase susceptibility to infections. Macrophages, dendritic cells, and natural killer cells exhibit reduced activity, impacting viral clearance. Preterm infants also have lower immunoglobulin (Ig) G levels, contributing to a weakened adaptive immune response. Hypogammaglobulinaemia heightens susceptibility to infections relying on antibody-mediated protection, while low secretory IgA production and delayed antibody response predispose to gastrointestinal and respiratory infections. The combined effect of immature immunity and medical interventions heightens preterm infants' susceptibility to pathogens. Recommendations for mitigating infection risks include antimicrobial stewardship, prompt initiation of exclusive breastfeeding, and timely administration of routine vaccinations.

La prématurité augmente considérablement la mortalité néonatale en Afrique subsaharienne. Un système immunitaire sous-développé et une hospitalisation prolongée augmentent le risque d'immunodéficience secondaire conduisant à une vulnérabilité accrue aux infections nosocomiales, y compris la septicémie néonatale provenant de diverses sources telles que les agents intra-utérins, intrapartum et postnatals. Cette revue explore l'impact de la prématurité sur la susceptibilité aux infections et le rôle d’une immunité immature. Une recherche documentaire utilisant PubMed et Google Scholar a identifié des articles pertinents publiés entre janvier 1980 et décembre 2022, se concentrant sur des termes tels que “prématuré", “prématurité ”, “septicémie néonatale” et “immunodéficience secondaire”. Malgré la susceptibilité néonatale au sepsis, des estimations précises de l'incidence font défaut dans de nombreux pays, et les nourrissons prématurés sont confrontés à des risques de morbidité et de mortalité plus élevés que les bébés nés à terme. Les infections précoces se manifestent généralement dans les 72 heures suivant l’accouchement, tandis que les infections néonatales tardives surviennent après cette période. L'immaturité affecte divers composants du système immunitaire, l'âge gestationnel influençant la fonctionnalité. La réponse immunitaire innée compromise chez les nourrissons prématurés implique des facteurs tels qu’une peau fragile, une production réduite de larmes/mucus et de faibles niveaux de peptides antimicrobiens. Les carences en complément et la fonction altérée des neutrophiles augmentent la susceptibilité aux infections. Les macrophages, les cellules dendritiques et les cellules tueuses naturelles présentent une activité réduite, ce qui a un impact sur la clairance virale. Les nourrissons prématurés ont également des taux d’immunoglobuline G plus faibles, ce qui contribue à affaiblir la réponse immunitaire adaptative. L'hypogammaglobulinémie augmente la susceptibilité aux infections reposant sur une protection médiée par les anticorps, tandis qu'une faible production d'IgA sécrétoires et une réponse retardée des anticorps prédisposent aux infections gastro-intestinales et respiratoires. L'effet combiné d'une immunité immature et d'interventions médicales augmente la sensibilité des nourrissons prématurés aux agents pathogènes. Les recommandations pour atténuer les risques d’infection comprennent la gestion des antimicrobiens, le début rapide de l’allaitement maternel exclusif et l’administration en temps opportun des vaccinations de routine.

Aerobic vaginitis in women seen at the laboratory of the university hospital of Befelatanana, Antananarivo, Madagascar

Z. D. Rakotovao-Ravahatra — 2024-04-03

Background: Vaginitis is common in women. The present study aims to identify the factors associated with aerobic vaginitis (AV) in women and evaluate the antibiotic resistance of bacteria responsible for this vaginitis.
Methodology: This was a retrospective cross-sectional study of 840 patients and analysis of the results of their cytobacteriological examinations of cervicovaginal samples from January 01, 2020 to December 31, 2022 at the Centre Hospitalier Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (CHUJRB) laboratory, Antananarivo, Mada- gascar.
Results: Among the 840 patients, 35 had aerobic vaginitis, giving the prevalence of AV of 4.2%. Enterococcal vaginitis was the most common, representing 48.6% (n=17) cases of AV. Regarding associated factors, there was no significant difference in the prevalence of AV between women under age of 40 (4.4%, 29/653) and women over age of 40 years (3.2%, 6/187) (p=0.539); hospitalized (6.6%, 10/152) and non-hospitalized outpatients (3.6%, 25/688) (p=0.115); and pregnant (4.2%, 8/192) and non-pregnant women (4.2%, 27/648) (p=1.000). The antibiotic resistance varies from 0% (vancomycin) to 90.0% (penicillin G) for the Gram-positive bacteria and 0% (imipenem and amikacin) to 100% (cotrimoxazole, ciprofloxacin, cefixime) for Gram-negative bacteria (Pseudomonas spp)
Conclusion: Cytobacteriological examination of cervicovaginal specimens in cases of genital disorders is necessary to improve the management of patients with AV in Madagascar. Similarly, empirical treatment should be properly guided and self-medication avoided, in order to limit the emergence of multidrug-resistant bacteria.

Contexte: La vaginite est fréquente chez les femmes. La présente étude vise à identifier les facteurs associés à la vaginite aérobie (AV) chez la femme et à évaluer la résistance aux antibiotiques des bactéries responsables de cette vaginite.

Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale rétrospective portant sur 840 patientes et analyse des résultats de leurs examens cytobactériologiques de prélèvements cervico-vaginaux du 01 janvier 2020 au 31 décembre 2022 au laboratoire du Centre Hospitalier Universitaire Joseph Raseta Befelatanana (CHUJRB), Antananarivo, Madagascar.

Résultats: Parmi les 840 patientes, 35 avaient une vaginite aérobie, soit une prévalence d'AV de 4,2%. La vaginite à entérocoques était la plus courante, représentant 48,6% (n=17) des cas d'AV. Concernant les facteurs associés, il n’y avait pas de différence significative dans la prévalence de l’AV entre les femmes de moins de 40 ans (4,4%, 29/653) et les femmes de plus de 40 ans (3,2%, 6/187) (p=0,539); patients hospitalisés (6,6%, 10/152) et non hospitalisés (3,6%, 25/688) (p=0,115); et les femmes enceintes (4,2%, 8/192) et non enceintes (4,2%, 27/648) (p=1.000). La résistance aux antibiotiques varie de 0% (vancomycine) à 90,0% (pénicilline G) pour les bactéries à Gram positif et de 0% (imipénème et amikacine) à 100% (cotrimoxazole, ciprofloxacine, céfixime) pour les bactéries à Gram négatif (Pseudomonas spp).

Conclusion: L'examen cytobactériologique des prélèvements cervico-vaginaux en cas de troubles génitaux est nécessaire pour améliorer la prise en charge des patients atteints d'AV à Madagascar. De même, le traitement empirique doit être correctement guidé et l’automédication évitée, afin de limiter l’émergence de bactéries multirésistantes.

HIV status of individuals who underwent pre-employment medical screening at a federal tertiary health institution in southeast Nigeria

F. E. Ehidiamhen — 2024-04-03

Background: The human immunodeficiency virus (HIV) targets the host immune system, particularly the CD4 T cells. The host resistance to opportunistic and non-opportunistic infections such as tuberculosis, fungal infections, severe bacterial infections, and several malignancies is weakened as a result of destruction of these CD4 cells by HIV. The purpose of this study was to determine the prevalence of HIV among individuals who participated in pre-employment medical screening at David Umahi Federal University Teaching Hospital Uburu, Ebonyi State, Nigeria, with the aim of connecting those who are HIV-positive to voluntary counseling and treatment programs.

Methodology: This was a retrospective analysis of the medical records of 537 eligible participants who underwent pre-employment medical screening exercise, and whose blood samples were tested for presence of HIV antibodies at the University Teaching Hospital, using the Determine HIV-1/2 (T1) and Unigold HIV-1/2 (T2), and the tie breaker Statpak HIV-1/2 (T3) tests. The serological results were interpreted according to the national HIV testing algorithm, with test result declared negative for HIV antibodies if T1 was negative or if only T1 was positive but T2 and T3 were both negative.

Results: Of the total record of 756 pre-employment participants for the medical screening exercise, only 537 met the inclusion criteria for the study. The mean age of the 537 participants was 34.2±6.9 and age range of 18-67 years; 325 (61.0%) were females while 212 (39.0%) were males. The seroprevalence of HIV among the study participants was 2.4% (13/537), with 1.4% (3/212) in the males and 3.1% (10/325) in the females (x2=0.879, OR=0.45; 95% CI=0.12-1.60, p=0.3485). Only participants in the age range 26–35 and 36–45 years were HIV seropositive, with prevalence of 2.9% (9/310) and 2.4% (4/169) respectively but the HIV seroprevalence was not significantly associated with age and gender of the participants (p>0.05).

Conclusion: The study findings provide useful information for the hospital administration of the HIV situation of its planned workforce, which will help with decisions on HIV positive participants to enrol in antiretroviral therapy program.

Contexte: Le virus de l'immunodéficience humaine (VIH) cible le système immunitaire de l'hôte, en particulier les lymphocytes T CD4. La résistance de l'hôte aux infections opportunistes et non opportunistes telles que la tuberculose, les infections fongiques, les infections bactériennes graves et plusieurs tumeurs malignes est affaiblie en raison de la destruction de ces cellules CD4 par le VIH. Le but de cette étude était de déterminer la prévalence du VIH chez les personnes ayant participé à un dépistage médical préalable à l'emploi à l'hôpital universitaire fédéral David Umahi d'Uburu, dans l'État d'Ebonyi, au Nigeria, dans le but de connecter les personnes séropositives à des conseils volontaires et des programmes de traitement.

Méthodologie: Il s'agissait d'une analyse rétrospective des dossiers médicaux de 537 participants éligibles qui ont subi un exercice de dépistage médical préalable à l'emploi et dont les échantillons de sang ont été testés pour la présence d'anticorps anti-VIH à l'hôpital universitaire, à l'aide du système de détermination du VIH-1/2 (T1) et Unigold HIV-1/2 (T2), ainsi que les tests de départage Statpak HIV-1/2 (T3). Les résultats sérologiques ont été interprétés selon l'algorithme national de dépistage du VIH, le résultat du test étant déclaré négatif pour les anticorps anti-VIH si T1 était négatif ou si seul T1 était positif mais que T2 et T3 étaient tous deux négatifs.

Résultats: Sur le total de 756 participants préalables à l'emploi pour l'exercice de sélection médicale, seuls 537 répondaient aux critères d'inclusion de l'étude. L'âge moyen des 537 participants était de 34,2±6,9 ans et la tranche d'âge était de 18 à 67 ans; 325 (61,0%) étaient des femmes tandis que 212 (39,0%) étaient des hommes. La séroprévalence du VIH parmi les participants à l'étude était de 2,4% (13/537), dont 1,4% (3/212) chez les hommes et 3,1% (10/325) chez les femmes (x2=0,879; OR=0,45; 95% IC=0,12-1,60; p=0,3485). Seuls les participants âgés de 26 à 35 ans et de 36 à 45 ans étaient séropositifs au VIH, avec une prévalence de 2,9% (9/310) et 2,4% (4/169) respectivement, mais la séroprévalence du VIH n'était pas significativement associée à l'âge et au sexe des personnes les participants (p>0,05).

Conclusion: Les résultats de l'étude fournissent des informations utiles à l'administration hospitalière sur la situation VIH de sa main-d'oeuvre prévue, ce qui aidera à prendre des décisions concernant les participants séropositifs à s'inscrire à un programme de thérapie antirétrovirale.

COVID-19 in children aged 0-15 years seen at Amirou Boubacar Diallo National Hospital in Niamey, Niger, 2020-2021

H. Idé Amadou — 2024-04-03

Background: In 2020, the COVID-19 pandemic affected all age groups. Although COVID-19 is generally benign in children, a diagnostic problem may arise due to clinical similarities with certain pathologies such as malaria, dengue fever and influenza. The objective of this study is to describe the epidemiological profile of COVID 19 in children seen at consultation and to determine the prevalence of influenza, malaria and dengue fever as differential diagnoses.

Methodology: We conducted a prospective cohort analytical study from October 1, 2020 to February 28, 2021 in COVID-19 suspected children aged 0 to 15 years admitted to the pediatrics department at the hospital. We used EPI INFO 7.2.4. software for data entry and analysis. Frequencies and proportions were calculated.

Results: A total of 570 suspected cases of COVID-19 were enrolled. Of the suspected cases, 53.2% were males and 46.9% were females, with a M/F ratio of 1.13. The median age was 2 years (IQR: 1- 3 years), with age range of 0 to 15 years, and 68,8% in the age range 1 to 5 years. Exposure factors were travel (3.7%), contact with a suspected case of COVID-19 (1.0%), while only 2.6 % (15/570) of suspected cases were confirmed positive for COVID-19. The median age of COVID-19 confirmed children was 2.7 years (IQR 0.33-5). There were more male positive cases, with a M/F ratio of 2. Fever (100%) and cough (53.3%) were the predominant symptoms. The prevalence of malaria, Dengue fever and influenza among suspected COVID-19 cases were 16.8%, 0% and 54.7% respectively, while the respective prevalence in COVID-19 confirmed cases were 66.7%, 0% and 33.3%

Conclusion: COVID-19 should be investigated in children presenting with symptoms and signs of malaria, influenza or Dengue fever.

Contexte: en 2020, la pandémie de COVID-19 a touché toutes les tranches d’âge. Bien que le COVID-19 soit généralement bénin chez l’enfant, un problème de diagnostic peut surgir en raison de similitudes cliniques avec certaines pathologies comme le paludisme, la dengue et la grippe. L'objectif de cette étude est de décrire le profil épidémiologique du COVID 19 chez les enfants vus en consultation et de déterminer la prévalence de la grippe, du paludisme et de la dengue comme diagnostics différentiels.

Méthodologie: Nous avons mené une étude prospective descriptive de cohorte du 1er octobre 2020 au 28 février 2021, chez des enfants suspects de COVID-19 âgés de 0 à 15 ans admis au service de pédiatrie de l'hôpital. Nous avons utilisé EPI INFO 7.2.4. Logiciel de saisie et d'analyse de données. Les fréquences et les proportions ont été calculées.

Résultats: Au total, 570 cas suspects de COVID-19 ont été recrutés. Parmi les cas suspects, 53,2% étaient des hommes et 46,9% des femmes, avec un ratio H/F de 1,13. L'âge médian était de 2 ans (IQR: 1-3 ans), avec une tranche d'âge de 0 à 15 ans, et 68,8% dans la tranche d'âge de 1 à 5 ans. Les facteurs d'exposition étaient les voyages (3,7%), le contact avec un cas suspect de COVID-19 (1,0%), tandis que seulement 2,6% (15/570) des cas suspects ont été confirmés positifs à la COVID-19. L'âge médian des enfants confirmés par le COVID-19 était de 2,7 ans (IQR 0,33-5). Il y a eu davantage de cas positifs chez les hommes, avec un ratio H/F de 2. La fièvre (100%) et la toux (53,3%) étaient les symptômes prédominants. La prévalence du paludisme, de la dengue et de la grippe parmi les cas suspects de COVID-19 était respectivement de 16,8%, 0% et 54,7%, tandis que la prévalence respective des cas confirmés de COVID-19 était de 66,7%, 0% et 33,3%.

Conclusion: Le COVID-19 doit être recherché chez les enfants présentant des symptômes et des signes de paludisme, de grippe ou de Dengue.

Predominant amino acid substitutions in NS5B gene of hepatitis C virus in blood donors and treatment-naïve hepatitis and HIV patients in Nigeria

J. A. Shenge — 2024-04-03

Background: Hepatitis C virus (HCV) genome undergoes high rate of mutation, which results in generation of genetically diverse HCV isolates. There is paucity of data on mutations in the nonstructural 5b (NS5b) gene of circulating HCV and their implications in the Nigerian population. Here, we identified clinically-important mutations in HCV isolates, which may influence response to therapy and disease prognosis.

Methodology: HCV RNA was extracted from a total of 301 blood samples collected from 99 symptomatic treatment-naïve hepatitis patients, 125 HIV-infected individuals and 77 asymptomatic blood donors in Ibadan, Nigeria. The RNA was reverse–transcribed to complimentary DNA and HCV NS5B gene amplified by nested PCR. The amplified products of 42 HCV were sequenced and sequences were aligned with those from GenBank and HCV databases in MEGA 7.0. Nucleotide sequences were translated to amino acids while substitutions in the amino acids were analyzed with reference to H77 prototype strain of HCV.

Results: A total of 10 amino acid polymorphisms were observed from the 42 sequenced NS5B gene, with the major clinically-important amino acid mutations being S15G in 28 (66.7%) participants, T7N (24, 57.1%), G61R (23, 54.8%), S54L (22, 52.4%), G89E (14, 33.3%), T79M (12, 28.6%), and T711 (11, 26.2%). Others were Q67R (7, 16.7%), Q47H (7, 16.7%) and S84F (2, 4.8%). S15G/A/V mutations were more predominant in patients with HIV (76.9%, 10/13) followed by patients with clinical hepatitis (75.0%, 12/16) and blood donors (46.1%, 6/13). Q67R and T71I mutations were not predominant in patients with clinical hepatitis as they were detected in only 31.3% (5/16) and 43.8% (7/16) participants respectively, compared to S15G (75.0%, 12/16), S54L (68.8%, 11/16), G61R/E (68.8%, 11/16) and T7N/S (56.3%, 9/16). There was no statistically significant difference in the distribution of each of the 10 amino acid polymorphisms detected within patients with symptomatic clinical hepatitis (x2=9.311, p=0.409), HIV-infected patients (x2=13.431, p=0.1440) and asymp- tomatic blood donors (x2=3.775, p=0.9256). Similarly, there was no significant difference in the distribution between the 3 categories of the study participants except for T79M mutation, which was significantly higher in HIV-infected patients (61.5%, 8/13) compared to patients with clinical hepatitis (18.8%, 3/16) and asymp- tomatic blood donors (7.7%, 1/13) (x2=10.456, p=0.0054).

Conclusion: Mutations in the NS5B gene could be associated with worse prognosis of the disease or antiviral failure due to viral resistance in patients undergoing therapy. The absence of Q47H mutations in majority of the study participants in our study implies that they will not respond well to daprevir and mericitabine. Screening of patients for pre-existing resistant mutations before commencement of therapy and monitoring during and after therapy are recommended.

Serological and molecular detection of hepatitis C virus among students in a tertiary educational institution in Calabar, Nigeria

M. Mbah — 2024-04-03

Background: Hepatitis C virus (HCV) infection is a global health problem and continues to be a major disease burden in the world, associated with serious health challenges including liver cirrhosis, cancer, lymphomas and death. This study was carried out to determine the prevalence of HCV infection among students of the University of Calabar.

Methodology: In a cross-sectional study, 200 students were tested for the presence of anti-HCV antibodies using a rapid immunochromatographic (ICT) assay (CTK Biotech, Inc. USA). Seropositive samples were confirmed using reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay for detection of HCV RNA. Structured questionnaires were used to collect subjects’ socio-demographic data and risk factors of infection. Data were analyzed using SPSS version 16.0, with the level of significance set at p<0.05.

Results: Of the 200 students screened, the seroprevalence of HCV was 15.0% (n=30) and 9.5% (n=19) was positive for HCV RNA by RT-PCR assay. The prevalence of anti-HCV antibody was significantly higher in females (18.8%, 12/64) than males (13.2%, 18/136) (x²=3.84, p=0.036). Alcohol consumption (OR=4.67, 95% CI=2.04-10.67, p=0.002), skin piercing (OR=32.99, 95% CI=5.95-72.37, p<0.0001), multiple sexual partners (OR=4.03, 95% CI=1.7-9.6, p=0.0018), and history of blood transfusion (OR=8.00, 95% CI=2.97-21.58, p<0.001) were risk factors significantly associated with HCV infection in the study participants.

Conclusion: The findings of 15.0% and 9.5% prevalence of HCV infection by anti-HCV antibody and HCV RNA, respectively in this study, showed that there is relatively high prevalence of HCV infection among the students’ population in University of Calabar, Nigeria. Hence, routine medical screening of students for HCV infection using rapid ICT and RT-PCR techniques is hereby recommended.

Contexte: L'infection par le virus de l'hépatite C (VHC) est un problème de santé mondial et continue de représenter un fardeau de morbidité majeur dans le monde, associé à de graves problèmes de santé, notamment la cirrhose du foie, le cancer, les lymphomes et la mort. Cette étude a été réalisée pour déterminer la prévalence de l'infection par le VHC parmi les étudiants de l'Université de Calabar.

Méthodologie: Dans une étude transversale, 200 étudiants ont été testés pour la présence d'anticorps anti-VHC à l'aide d'un test immunochromatographique rapide (ICT) (CTK Biotech, Inc., USA). Les échantillons séropositifs ont été confirmés à l’aide d’un test de réaction en chaîne par transcriptase inverse-polymérase (RT-PCR) pour la détection de l’ARN du VHC. Des questionnaires structurés ont été utilisés pour collecter les données sociodémographiques des sujets et les facteurs de risque d’infection. Les données ont été analysées à l'aide de SPSS version 16.0, avec le niveau de signification fixé à p<0,05.

Résultats: Parmi les 200 étudiants dépistés, la séroprévalence du VHC était de 15,0% (n=30) et 9,5% (n=19) étaient positifs à l'ARN du VHC par test RT-PCR. La prévalence des anticorps anti-VHC était significativement plus élevée chez les femmes (18,8%, 12/64) que chez les hommes (13,2%, 18/136) (x²=3,84, p=0,036). Consommation d'alcool (OR=4,67, IC 95%=2,04-10,67, p=0,002), perçage cutané (OR=32,99, IC 95%=5,95-72,37, p<0,0001), partenaires sexuels multiples (OR=4,03, IC 95%=1,7-9,6, p=0,0018) et les antécédents de transfusion sanguine (OR=8,00, IC à 95 %=2,97-21,58, p<0,001) étaient des facteurs de risque significativement associés à l'infection par le VHC chez les participants à l'étude.

Conclusion: Les résultats de 15,0 % et 9,5 % de prévalence de l'infection par le VHC par les anticorps anti-VHC et l'ARN du VHC, respectivement dans cette étude, ont montré qu'il existe une prévalence relativement élevée de l'infection par le VHC parmi la population étudiante de l'Université de Calabar, au Nigéria. Par conséquent, un dépistage médical de routine des étudiants pour l’infection par le VHC à l’aide de techniques rapides de TIC et de RT-PCR est recommandé.

Molecular detection of antimicrobial resistance genes in multidrug-resistant Gram-negative bacteria isolated from clinical samples in two hospitals in Niger

O. Abdoulaye — 2024-04-03

Background: According to the World Health Organization (WHO), bacterial resistance to antibiotics is a global public health challenge, which is also developing in Niger. The aim of this study was to determine the prevalence of antibiotic resistance genes in Gram-negative bacilli isolated from clinical samples in the biological laboratories of two selected health facilities in Niger.

Methodology: Clinical bacterial isolates were randomly collected from two biological laboratories of Zinder National Hospital and Niamey General Reference Hospital. These were multi-resistant Gram-negative bacteria that have been routinely isolated from pathological samples of patients. Molecular detection of resistance genes was carried out by polymerase chain reaction (PCR) amplification using specific primers. These include plasmid-mediated AmpC beta lactamase genes (bla_CITM, bla_DHAM, bla_FOXM), ‘Cefotaxime-Munich’ type beta lactamase genes (bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-2, bla_CTX-M-9), KPC-type beta lactamase gene (bla_KPC), Oxa-type beta lactamase gene (bla_OXA-48), SHV-type beta lactamase gene (bla_SHV), TEM-type beta lactamase gene (bla_TEM), quinolone resistance genes (qnrA, qnrB, qnrS), and sulfonamide resistance genes (sul1, sul2, sul3).

Results: A total of 24 strains of multidrug-resistant Gram-negative bacteria isolated from different clinical samples were analysed. The distribution of the resistance genes detected is as follows; AmpC bla_CITM (n=6; 25.0%), AmpC bla_DHAM (n=4; 17.0%), AmpC bla_FOXM (n=0), bla_CTX-M-1 (n=11; 46.0%), bla_CTX-M-2 (n=0), bla_CTX-M-9 (n=0), bla_KPC (n=0), bla_OXA-48 (n=2; 8..0%), bla_SHV (n=5; 21.0%), bla_TEM (n=0), qnrA (n=0), qnrB (n=5; 21.0%), qnrS (n=17; 71.0%), sul1 (n=22; 92.0%), sul2 (n=12; 50.0%), and sul3 (n=0). All isolates tested had at least two resistance genes.

Conclusion: The results of this study provide a better understanding of the resistance situation of clinical isolates in Niger. Therefore, it is more than necessary to intensify the detection on a larger number of samples and on a national scale. This will make it possible to assess the true extent of the phenomenon and consequently guide control strategies through a national multisectoral plan.

Contexte: Selon l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS), la résistance bactérienne aux antibiotiques constitue un défi mondial de santé publique, qui se développe également au Niger. Le but de cette étude était de déterminer la prévalence des gènes de résistance aux antibiotiques chez les bacilles Gram négatif isolés à partir d'échantillons cliniques dans les laboratoires de biologie de deux formations sanitaires sélectionnées au Niger.

Méthodologie: Des isolats bactériens cliniques ont été collectés de manière aléatoire dans deux laboratoires de biologie de l'Hôpital National de Zinder et de l'Hôpital Général de Référence de Niamey. Il s’agissait de bactéries Gram-négatives multirésistantes qui ont été systématiquement isolées à partir d’échantillons pathologiques de patients. La détection moléculaire des gènes de résistance a été réalisée par amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) à l'aide d'amorces spécifiques. Il s'agit notamment des gènes de bêta-lactamase AmpC à médiation plasmidique (bla_CITM, bla_DHAM, bla_FOXM), des gènes de bêta-lactamase de type «Céfotaxime-Munich» (bla_CTX-M-1, bla_CTX-M-2, bla_CTX-M-9), du gène de bêta-lactamase de type KPC (bla_KPC), du gène de bêta-lactamase de type Oxa (bla_OXA-48), le gène bêta-lactamase de type SHV (blaSHV), le gène bêta-lactamase de type TEM (bla_TEM), les gènes de résistance aux quinolones (qnrA, qnrB, qnrS) et les gènes de résistance aux sulfamides (sul1, sul2, sul3).

Résultats: Au total, 24 souches de bactéries Gram-négatives multirésistantes isolées de différents échantillons cliniques ont été analysées. La répartition des gènes de résistance détectés est la suivante; AmpC bla_CITM (n=6; 25,0%), AmpC bla_DHAM (n=4; 17,0%), AmpC bla_FOXM (n=0), bla_CTX-M-1 (n=11; 46,0%), bla_CTX-M-2 (n=0), bla_CTX-M-9 (n=0), bla_KPC (n=0), bla_OXA-48 (n=2; 8,0%), bla_SHV (n=5; 21,0%), bla_TEM (n=0), qnrA (n=0), qnrB (n=5; 21,0%), qnrS (n=17; 71,0%), sul1 (n=22; 92,0%), sul2 (n=12; 50,0%) et sul3 (n=0). Tous les isolats testés possédaient au moins deux gènes de résistance.

Conclusion: Les résultats de cette étude permettent de mieux comprendre la situation de résistance des isolats cliniques au Niger. Il est donc plus que nécessaire d’intensifier la détection sur un plus grand nombre d’échantillons et à l’échelle nationale. Cela permettra d'évaluer l'ampleur réelle du phénomène et par conséquent d'orienter les stratégies de lutte à travers un plan national multisectoriel.

Urinary tract infections in pregnancy caused by carbapenemresistant Enterobacteriaceae in University of Calabar Teaching Hospital, Nigeria: An emerging therapeutic threat

G. I. Ogban — 2024-04-03

Background: Severe infections caused by carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) have mortality rate exceeding 50%. On the strength of this, this study sought to determine the prevalence of urinary tract infection (UTI) in pregnancy caused by CRE and associated risk factors in University of Calabar Teaching Hospital (UCTH), Nigeria, with the aim of making recommendations that can stem the tide of UTI caused by this bacterial strain in the hospital.
Methodology: This was a descriptive cross-sectional study of 349 consecutively selected pregnant women attending antenatal clinic of UCTH, Calabar, Nigeria, between September 2020 and August 2021. Demographic/ clinical data and risk factors were collected with semi-structured interviewer-administered questionnaire. Voided mid-stream urine (MSU) sample was collected from each participant and transported to the medical microbiology laboratory of the hospital for microbiological analysis using conventional culture and biochemical identification methods. Antimicrobial susceptibility test (AST) on each isolate was performed by the disk diffusion technique against selected antibiotics. Phenotypic carbapenemase production from presumptive carbapenem resistant isolates following AST was confirmed by the modified Hodge test (MHT). Data analysis was done on SPSS version 19.0. Association of risk factors with prevalence of UTI caused by CRE was determined using Chi square or Fisher Exact test, with p<0.05 considered statistically significant.
Results: The prevalence of UTI among the pregnant women was 10.0% (35/349), with prevalence of 6.6% for Escherichia coli (23/349) and 3.5% (12/349) for Klebsiella pneumoniae. Antibiotic susceptibility test result showed that piperacillin-tazobactam was the most active antibiotic in vitro, with 82.9% isolates sensitive to it while sensitivity to imipenem (60.0%) and meropenem (40.0%) was low. A total 17 (48.6%) of the 35 isolates were resistant to carbapenems in the AST and 12 (34.3%) were carbapenemase-producing strains on MHT while 5 (14.3%) were non-carbapenemase-mediated resistance (NCMR). None of the demographic characteristics or risk factors analysed was significantly associated with UTI caused by CRE in the pregnant women (p>0.05).
Conclusion: To stem the rising trend of UTIs in pregnancy caused by carbapenem resistant uropathogens,
pregnant women receiving antenatal care in UCTH, Calabar should be routinely screened for UTI and offered
appropriate treatment if indicated based on microbiological test results.

Contexte: Les infections graves causées par des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) ont un taux de mortalité supérieur à 50 %. Forte de ces éléments, cette étude a cherché à déterminer la prévalence des infections des voies urinaires (IVU) pendant la grossesse causée par la CRE et les facteurs de risque associés à l'hôpital universitaire de Calabar (UCTH), au Nigeria, dans le but de formuler des recommandations qui peuvent endiguer la marée d'infections urinaires causées par cette souche bactérienne à l'hôpital.

Méthodologie: Il s'agit d'une étude transversale descriptive portant sur 349 femmes enceintes sélectionnées consécutivement fréquentant la clinique prénatale de l'UCTH, Calabar, Nigeria, entre septembre 2020 et août 2021. Les données démographiques/cliniques et les facteurs de risque ont été collectés à l'aide d'un questionnaire semi-structuré administré par un intervieweur. Un échantillon d'urine mi-jet (MSU) a été collecté auprès de chaque participant et transporté au laboratoire de microbiologie médicale de l'hôpital pour analyse microbiologique à l'aide de méthodes de culture et d'identification biochimiques conventionnelles. Le test de sensibilité aux antimicrobiens (AST) sur chaque isolat a été réalisé par la technique de diffusion sur disque contre des antibiotiques sélectionnés. La production phénotypique de carbapénémase à partir d'isolats présumés résistants aux carbapénèmes après AST a été confirmée par le test de Hodge modifié (MHT). L'analyse des données a été effectuée sur SPSS version 19.0. L'association des facteurs de risque avec la prévalence des infections urinaires causées par la CRE a été déterminée à l'aide du test du Chi carré ou de Fisher Exact, avec p <0,05 considéré comme statistiquement significatif.

Résultats: La prévalence des infections urinaires chez les femmes enceintes était de 10,0% (35/349), avec une prévalence de 6,6% pour Escherichia coli (23/349) et de 3,5% (12/349) pour Klebsiella pneumoniae. Les résultats du test de sensibilité aux antibiotiques ont montré que l'association pipéracilline-tazobactam était l'antibiotique le plus actif in vitro, avec 82,9% des isolats qui y étaient sensibles, tandis que la sensibilité à l'imipénème (60,0%) et au méropénème (40,0%) était faible. Au total, 17 (48,6%) des 35 isolats étaient résistants aux carbapénèmes dans l'AST et 12 (34,3%) étaient des souches productrices de carbapénémase sur MHT, tandis que 5 (14,3%) étaient des souches non médiées par la carbapénémase (NCMR). Aucune des caractéristiques démographiques ou des facteurs de risque analysés n'était associée de manière significative aux infections urinaires causées par la CRE chez les femmes enceintes (p>0,05).

Conclusion: Pour endiguer la tendance croissante des infections urinaires pendant la grossesse causée par des uropathogènes résistants aux carbapénèmes, les femmes enceintes recevant des soins prénatals à l'UCTH de Calabar devraient être systématiquement dépistées pour les infections urinaires et se voir proposer un traitement approprié si cela est indiqué sur la base des résultats des tests microbiologiques.

Detection of microbial pathogens colonizing foot ulcers of diabetic patients in Enugu, Nigeria

O. B. Ugwu — 2024-04-03

Background: Diabetic foot ulcer (DFU) is a major complication of diabetes mellitus (DM) which is associated with high morbidity and mortality. There is high rate of bacteria colonization especially in those with tendencies for poor wound dressing. This is accompanied by high rate of inappropriate antibiotic usage. The aim of this study is to characterize microbial pathogens colonizing foot ulcers of diabetic patients in Enugu, Nigeria, and to determine the antibiotic susceptibility of these isolates.
Methodology: This was a descriptive cross-sectional study of consecutively enrolled diabetic patients with foot ulcers in two tertiary healthcare facilities in Enugu, Nigeria, between May 2021 and February 2022. A structured questionnaire was used to obtain socio-demographic and clinical data of the patients. Pus samples and/or tissues were collected from the ulcer lesion of each patient for aerobic and anaerobic microbial cultures and biochemical identification using standard conventional techniques.
Results: A total of 310 diabetic patients with foot ulcers were recruited into the study, with 62.3% (193/310) males and 37.7% (117/310) females, and mean age of 56.0±13.9 years. Bacteria and yeast were isolated from samples of 280 (90.3%) patients while samples of 30 (9.7%) patients had no microbial growth. Males had higher frequency of microbial isolates (90.7%, 175/193) than females (89.7%, 105/117), while the age group ≤ 40 years had higher frequency of microbial isolates (100%, 43/43) compared to other age groups, although the differences are not statistically significant (p>0.05). The distribution of the isolates showed that 15.7% (44/280) were monomicrobial while 84.3% (236/280) were polymicrobial. The highest single isolate was Bacteroides fragilis with 5.0% (14/280), followed by Staphylococcus aureus with 3.2% (9/280). Bacteroides fragilis and S. aureus occurred as the highest combined bacteria isolates with 5.7% (16/280). Most of the patients were colonized by combination of bacterial isolates. The susceptibility indicates that most of the anaerobic bacteria were sensitive to metronidazole while S. aureus isolates were resistant to ofloxacin at a rate of 65.0%. Conclusion: The findings in this study showed that there is high bacteria and fungi colonization of foot ulcers of diabetic patients in Enugu, Nigeria. Routine care of wounds especially frequent changes of dressing materials and the use of potent antiseptics, are recommended.

Contexte: L'ulcère du pied diabétique (UPD) est une complication majeure du diabète sucré (DM) associée à une morbidité et une mortalité élevées. Il existe un taux élevé de colonisation bactérienne, en particulier chez les personnes ayant tendance à mal panser les plaies. Cela s’accompagne d’un taux élevé d’utilisation inappropriée d’antibiotiques. Le but de cette étude est de caractériser les agents pathogènes microbiens colonisant les ulcères du pied des patients diabétiques à Enugu, au Nigeria, et de déterminer la sensibilité aux antibiotiques de ces isolats.

Méthodologie: Il s'agissait d'une étude transversale descriptive portant sur des patients diabétiques recrutés consécutivement et souffrant d'ulcères du pied dans deux établissements de soins de santé tertiaires à Enugu, au Nigeria, entre mai 2021 et février 2022. Un questionnaire structuré a été utilisé pour obtenir des données sociodémographiques et cliniques du les patients. Des échantillons de pus et/ou des tissus ont été prélevés sur la lésion ulcéreuse de chaque patient pour des cultures microbiennes aérobies et anaérobies et une identification biochimique à l'aide de techniques conventionnelles standard.

Résultats: Au total, 310 patients diabétiques souffrant d'ulcères du pied ont été recrutés dans l'étude, avec 62,3% (193/310) d'hommes et 37,7% (117/310) de femmes, et un âge moyen de 56,0±13,9 ans. Des bactéries et des levures ont été isolées à partir d'échantillons de 280 (90,3%) patients, tandis que des échantillons de 30 (9,7%) patients ne présentaient aucune croissance microbienne. Les hommes présentaient une fréquence plus élevée d'isolats microbiens (90,7%, 175/193) que les femmes (89,7%, 105/117), tandis que le groupe d'âge ≤ 40 ans présentait une fréquence plus élevée d'isolats microbiens (100.0%, 43/43) par rapport aux autres groupes d’âge, bien que les différences ne soient pas statistiquement significatives (p>0,05). La répartition des isolats a montré que 15,7% (44/280) étaient monomicrobiens tandis que 84,3% (236/280) étaient polymicrobiens. L'isolat le plus élevé était Bacteroides fragilis avec 5,0% (14/280), suivi de Staphylococcus aureus avec 3,2% (9/280). Bacteroides fragilis et S. aureus étaient les isolats bactériens combinés les plus élevés avec 5,7% (16/280). La plupart des patients étaient colonisés par une combinaison d’isolats bactériens. La sensibilité indique que la plupart des bactéries anaérobies étaient sensibles au métronidazole tandis que les isolats de S. aureus étaient résistants à l'ofloxacine à un taux de 65,0%.

Conclusion: Les résultats de cette étude ont montré qu'il existe une forte colonisation bactérienne et fongique des ulcères du pied des patients diabétiques à Enugu, au Nigeria. Des soins de routine des plaies, des changements particulièrement fréquents des matériaux de pansement et l'utilisation d'antiseptiques puissants sont recommandés.

Phylogenetic diversity and susceptibility of Candida species from women using contraceptive devices in northcentral Nigeria

L. Y. Adogo — 2024-04-03

Background: The use of contraceptive devices predisposes women to vulvovaginal candidiasis (VVC) globally. Despite the high incidence of VVC and antifungal resistance to azoles, the genetic diversity and resistance pattern among contraceptive users in Nigeria is poorly investigated. This study therefore sought to characterize and determine the phylogenetic breadth of Candida species as well as their resistance to antifungal agents.

Methodology: This study recruited 1,600 women using contraceptive devices who visited selected gynaecology and obstetrics clinics in northcentral Nigeria. Candida species were isolated and characterized using conventional methods and sequencing of the internal transcribed spacer (ITS) region of the ribosomal DNA (rDNA). Bayesian phylogenetic analysis was used to characterize the diversity of Candida species and primer-specific PCR was used to detect the presence of resistant genes. Agar well diffusion technique was used for the determination of antifungal susceptibility profiles. Data analysis was done by Kruskal-Wallis Chi-square test on R Console software version 3.2.2, followed by post-hoc Wilcoxon rank sum test with Bonferroni correction for multiple pairwise comparisons of means where there was a significant difference between the antifungal agents. The level of significance was set at p < 0.05.

Results: A total of 710 (44.3%) out of the 1,600 women using contraceptive devices had VVC with five species of Candida identified in them. Although Candida albicans was the predominant (43.2%, n=307) species, other non-albicans Candida species include Candida (Nakaseomyces) glabrata (19.0%, n=135), Candida tropicalis (15.8%, n=112), Candida parapsilosis (8.9%, n=63), and Candida akabanensis (13.1%, n=93) which were phenotypically identified as Candida (Nakaseomyces) glabrata. All the Candida species showed varying degrees of susceptibilities to voriconazole, fluconazole and nystatin. However, resistance of C. albicans to fluconazole was 29.0%, C. tropicalis to nystatin (46.0%) and to voriconazole (14.0%), while C. akabanensis was 100.0% resistant to voriconazole and fluconazole. Kruskal-Wallis Chi-square test showed nystatin as the most effective antifungal agent against the Candida species (χ²=786.03, df=2, p<0.001). Also, resistant gene Erg11 was identified in all the Candida species that were phenotypically resistant to the antifungal agents tested.

Conclusion: Women using contraceptive devices in northcentral Nigeria harbor phylogenetically diverse Candida species including C. akabanensis, an uncommon cause of VVC. Of these Candida species, C. albicans, C. tropicalis and C. akabanensis were notable for multidrug drug resistance as well as harboring Erg11 resistance gene.

Contexte: L'utilisation de dispositifs contraceptifs prédispose les femmes à la candidose vulvo-vaginale (CVV) à l'échelle mondiale. Malgré l'incidence élevée de la CVV et de la résistance antifongique aux azoles, la diversité génétique et les modèles de résistance parmi les utilisatrices de contraceptifs au Nigéria sont peu étudiés. Cette étude a donc cherché à caractériser et déterminer l'étendue phylogénétique des espèces de Candida ainsi que leur résistance aux agents antifongiques.

Méthodologie: Cette étude a recruté 1600 femmes utilisant des dispositifs contraceptifs qui ont visité des cliniques de gynécologie et d'obstétrique sélectionnées dans le centre-nord du Nigeria. Les espèces de Candida ont été isolées et caractérisées à l'aide de méthodes conventionnelles et du séquençage de la région de l'espaceur transcrit interne (ITS) de l'ADN ribosomal (ADNr). L'analyse phylogénétique bayésienne a été utilisée pour caractériser la diversité des espèces de Candida et la PCR spécifique aux amorces a été utilisée pour détecter la présence de gènes résistants. La technique de diffusion dans des puits de gélose a été utilisée pour la détermination des profils de sensibilité aux antifongiques. L'analyse des données a été effectuée par le test du chi carré de Kruskal-Wallis sur la version 3.2.2 du logiciel R Console, suivi d'un test de somme de rangs de Wilcoxon post-hoc avec correction de Bonferroni pour de multiples comparaisons par paires de moyennes où il y avait une différence significative entre les agents antifongiques. Le niveau de signification a été fixé à p<0,05.

Résultats: Au total, 710 (44,3%) des 1600 femmes utilisant des dispositifs contraceptifs présentaient une VVC contenant cinq espèces de Candida. Bien que Candida albicans soit l'espèce prédominante (43,2%, n=307), d'autres espèces de Candida non albicans comprennent Candida (Nakaseomyces) glabrata (19,0%, n=135), Candida tropicalis (15,8%, n=112), Candida parapsilosis (8,9%, n=63) et Candida akabanensis (13,1%, n=93), phénotypiquement identifiés comme étant Candida (Nakaseomyces) glabrata. Toutes les espèces de Candida présentaient divers degrés de sensibilité au voriconazole, au fluconazole et à la nystatine. Cependant, la résistance de C. albicans au fluconazole était de 29,0%, celle de C. tropicalis à la nystatine (46,0%) et au voriconazole (14,0%), tandis que celle de C. akabanensis était de 100,0% résistante au voriconazole et au fluconazole. Le test du Chi carré de Kruskal-Wallis a montré que la nystatine était l'agent antifongique le plus efficace contre l'espèce Candida (χ2=786,03, df=2, p<0,001). En outre, le gène résistant Erg11 a été identifié chez toutes les espèces de Candida qui étaient phénotypiquement résistantes aux agents antifongiques testés.

Conclusion: Les femmes utilisant des dispositifs contraceptifs dans le centre-nord du Nigéria abritent des espèces de Candida phylogénétiquement diverses, notamment C. akabanensis, une cause rare de CVV. Parmi ces espèces de Candida, C. albicans, C. tropicalis et C. akabanensis se distinguaient par leur multirésistance aux médicaments et par l'hébergement du gène de résistance Erg11.

Hydroxychloroquine and zinc ameliorate interleukin-6 associated hepato-renal toxicity induced by Aspergillus fumigatus in experimental rat models

J. O. Okoye — 2024-04-03

Background: In Nigeria, immunocompromised persons, particularly those living with HIV, are at an increased risk of developing invasive pulmonary aspergillosis caused by Aspergillus fumigatus. Interestingly, this condition produces symptoms that can be easily mistaken for those of COVID-19. This misdiagnosis results in their treatment with zinc and hydroxychloroquine (HCQ). To better understand the pathophysiology of aspergillosis and determine the therapeutic and toxic effects of zinc and HCQ, this study examined liver and renal functions in experimental rat models.

Methodology: Twenty-eight Albino rats, randomised into 7 groups (n=4 each) designated A to G, were used for this study. Group A rats received standardized rat chow and distilled water only. Group B rats received moderate dose of HCQ only. Group C to G rats received immunosuppressive agents (an alkylating agent: cyclo- phosphamide and a steroid: hydrocortisone) to simulate an immunocompromised state before being infected with A. fumigatus suspension (AFS). Group C rats received AFS without treatment. Group D rats simultaneously received AFS and low dose of HCQ. Group E rats simultaneously received AFS and moderate dose of HCQ. Group F rats simultaneously received AFS and high dose of HCQ, and Group G rats simultaneously received AFS and moderate dose of HCQ and zinc. Serum levels of interleukin (IL)-6 and IL-10, liver enzymes, and renal parameters were measured using standard methods. The weights of the lungs, liver, and kidneys of each rat were measured after being sacrificed. One-way analysis of variance (ANOVA) was used to compare the means (±SD) of the biochemical variables and relative weight of the organs, while Post Hoc test was used for group comparison. Pearson's correlation was used to determine relationship between parameters, with significant levels established at p<0.05. Results: Higher levels of serum alanine transaminase, creatinine, and urea and lower relative lung weight were observed in group C rats (infected but untreated) compared to rats in other groups (p<0.001). Higher IL-6 levels and IL-6/IL-10 ratio were also observed in group C rats compared to rats in other groups (p>0.05).

Conclusion: This study revealed that HCQ and zinc ameliorate oxidative stress and hepato-renal damage induced by A. fumigatus in Albino rats.

Contexte: Au Nigeria, les personnes immunodéprimées, en particulier celles vivant avec le VIH, courent un risque accru de développer une aspergillose pulmonaire invasive causée par Aspergillus fumigatus. Il est intéressant de noter que cette maladie produit des symptômes qui peuvent facilement être confondus avec ceux du COVID-19. Cette erreur de diagnostic entraîne leur traitement au zinc et à l'hydroxychloroquine (HCQ). Pour mieux comprendre la physiopathologie de l'aspergillose et déterminer les effets thérapeutiques et toxiques du zinc et de l'HCQ, cette étude a examiné les fonctions hépatiques et rénales dans des modèles expérimentaux de rats.

Méthodologie: Vingt-huit rats albinos, randomisés en 7 groupes (n=4 chacun) désignés de A à G, ont été utilisés pour cette étude. Les rats du groupe A ont reçu uniquement de la nourriture pour rats standardisée et de l'eau distillée. Les rats du groupe B ont reçu uniquement une dose modérée de HCQ. Les rats des groupes C à G ont reçu des agents immunosuppresseurs (un agent alkylant: cyclophosphamide et un stéroïde: hydro- cortisone) pour simuler un état d'immunodépression avant d'être infectés par une suspension d'A. fumigatus (AFS). Les rats du groupe C ont reçu de l'AFS sans traitement. Les rats du groupe D ont reçu simultanément de l'AFS et une faible dose de HCQ. Les rats du groupe E ont reçu simultanément de l'AFS et une dose modérée de HCQ. Les rats du groupe F ont reçu simultanément de l'AFS et une dose élevée de HCQ, et les rats du groupe G ont reçu simultanément de l'AFS et une dose modérée de HCQ et de zinc. Les taux sériques d'interleukine (IL)-6 et d'IL-10, les enzymes hépatiques et les paramètres rénaux ont été mesurés à l'aide de méthodes standard. Le poids des poumons, du foie et des reins de chaque rat a été mesuré après sacrifice. Une analyse de variance unidirectionnelle (ANOVA) a été utilisée pour comparer les moyennes (±SD) des variables biochimiques et du poids relatif des organes, tandis que le test Post Hoc a été utilisé pour la comparaison de groupes. La corrélation de Pearson a été utilisée pour déterminer la relation entre les paramètres, avec des niveaux significatifs établis à p<0,05.

Résultats: Des taux sériques plus élevés d'alanine transaminase, de créatinine et d'urée et un poids relatif inférieur des poumons ont été observés chez les rats du groupe C (infectés mais non traités) par rapport aux rats des autres groupes (p<0,001). Des taux d'IL-6 et un rapport IL-6/IL-10 plus élevés ont également été observés chez les rats du groupe C par rapport aux rats des autres groupes (p>0,05).

Conclusion: Cette étude a révélé que l'HCQ et le zinc atténuent le stress oxydatif et les lésions hépato-rénales induites par A. fumigatus chez les rats albinos.

Molecular detection of hepatitis E virus among swine and poultry birds in Lagos, Nigeria

O. B. Salu — 2024-04-03

Background: Hepatitis E virus (HEV), the only hepatitis virus that replicates in humans and a wide range of animal hosts, is a significant public health enteric virus with a growing trend of infection globally. The public and environmental implications associated with HEV as a zoonotic transmitted virus remain to be fully elucidated. Thus, with the limited information on HEV in other species other than humans in Nigeria, this study aimed to detect by molecular methods HEV among some livestock in Lagos, Nigeria.
Methodology: A cross-sectional study of 172 (42.0%) poultry birds aged between 5 and 18 months, and 238 (58.0%) swine aged between 2 and 18 months purposively selected from Ojo, Ikorodu and Agege Local Government Areas (LGAs) of Lagos State, Nigeria between November 2017 and July 2019 was conducted. A total of 410 non-repetitive stool samples collected were analysed by molecular technique for the detection of HEV RNA. Descriptive statistics were computed for all relevant data. The association between gender and age with HEV RNA positivity was tested using Chi-square. All significant associations were recorded at p≤0.05.
Results: On the overall, 15 (3.7%) of the 410 stool samples were positive for HEV RNA with 5 (2.9%) and 10 (4.2%) of the 172 and 238 poultry birds and swine respectively. More female livestock (6.0%) had detectable HEV RNA than their male counterparts (1.0%) and the infection clustered majorly among age groups 1-6 months, and 7-12 months with a detection rate of 9.3%, 3.2% and 5.6%, 3.2% for both the swine and poultry birds respectively. Approximately 11.1% of the swine and 5.0% of the poultry birds’ samples from Ikorodu LGA were positive for HEV RNA. Only 3.0% of the swine samples from Ojo LGA had detected HEV RNA. No sample from Agege LGA had detectable HEV RNA.
Conclusion: The detection of HEV in both the swine and poultry birds in Lagos, Nigeria further confirms the endemicity of HEV and a cause for public health concern regarding the epidemiology of HEV in Nigeria. There is an urgent need for active and continuous surveillance to further detect and subtype the circulating HEV among livestock to prevent the advent of virulent strains that may be transmitted to handlers and the community at large.

Contexte: Le virus de l'hépatite E (VHE), le seul virus de l'hépatite qui se réplique chez l'homme et chez un large éventail d'hôtes animaux, est un virus entérique important pour la santé publique avec une tendance croissante d'infection à l'échelle mondiale. Les implications publiques et environnementales associées au VHE en tant que virus transmis par des zoonoses restent à élucider pleinement. Ainsi, compte tenu des informations limitées sur le VHE chez d'autres espèces autres que les humains au Nigeria, cette étude visait à détecter par des méthodes moléculaires le VHE chez certains animaux d'élevage à Lagos, au Nigeria.

Méthodologie: Une étude transversale portant sur 172 (42,0%) volailles âgées de 5 à 18 mois et 238 (58,0%) porcs âgés de 2 à 18 mois, sélectionnés à dessein dans les zones de gouvernement local (LGA) d'Ojo, Ikorodu et Agege de L’État de Lagos, au Nigéria, a été mené entre novembre 2017 et juillet 2019. Au total, 410 échantillons de selles non répétitifs collectés ont été analysés par technique moléculaire pour la détection de l'ARN du VHE. Des statistiques descriptives ont été calculées pour toutes les données pertinentes. L’association entre le sexe et l’âge avec la positivité de l’ARN du VHE a été testée à l’aide du chi carré. Toutes les associations significatives ont été enregistrées à p≤0,05.

Résultats: Au total, 15 (3,7%) des 410 échantillons de selles étaient positifs pour l'ARN du VHE, dont 5 (2,9%) et 10 (4,2%) des 172 et 238 volailles et porcs respectivement. Un plus grand nombre de femelles (6,0%) présentaient un ARN du VHE détectable que leurs homologues mâles (1,0 %) et l'infection se concentrait principalement dans les tranches d'âge de 1 à 6 mois et de 7 à 12 mois avec un taux de détection de 9,3%, 3,2% et 5,6%, 3,2% respectivement pour les porcs et les volailles. Environ 11,1% des échantillons de porcs et 5,0% des échantillons de volailles de la LGA d’Ikorodu étaient positifs pour l’ARN du VHE. Seulement 3,0% des échantillons porcins d’Ojo LGA avaient détecté l’ARN du VHE. Aucun échantillon d’Agege LGA ne contenait d’ARN du VHE détectable.

Conclusion: La détection du VHE chez les porcs et les volailles à Lagos, au Nigeria, confirme en outre l'endémicité du VHE et une source de préoccupation pour la santé publique concernant l'épidémiologie du VHE au Nigeria. Il existe un besoin urgent d'une surveillance active et continue pour détecter et sous-typer le VHE en circulation parmi le bétail afin de prévenir l'avènement de souches virulentes susceptibles d'être transmises aux manipulateurs et à la communauté dans son ensemble.

Antimicrobial resistance profiles of bacteria from Enterobacteriaceae family of laying chicken in Ibadan, southwestern Nigeria

C. V. Ojja — 2024-04-03

Background: Antibiotics are significant for improving the health and productivity of chickens, but overuse and misuse of antibiotics have led to the development of antimicrobial resistance (AMR), which has resulted in ineffective treatment of infectious diseases with associated mortality in chicken and potential spread of AMR pathogens to humans. The objective of the study was to evaluate the AMR profiles of Enterobacteriaceae from faecal samples of laying chicken in Ibadan, southwestern Nigeria.

Methodology: This was a cross-sectional study of 200 apparently healthy laying hens from 10 selected local government areas of Ibadan, Nigeria, and from which cloacal samples were collected for isolation of Enterobacteriaceae. Samples were first inoculated on tryptone soy broth (TSB) for enrichment and then sub-cultured on MacConkey agar plates. Presumptive Escherichia coli isolates were sub-cultured on Eosin Methylene Blue (EMB) agar and greenish metallic sheen colonies on EMB agar were identified as E. coli by colony morphology and Gram stain microscopy. Commercial API (Analytical Profile Index) kit was used to confirm the identity of the Enterobacteriaceae isolates. Antimicrobial susceptibility testing of the isolates was performed by the disc diffusion technique and result interpreted using the guideline of Clinical and Laboratory Standards Institute. Data were analysed on STATA and p<0.05 was considered statistical significance.

Results: The results showed that out of 200 chicken samples, 190 were cultured positive, giving a colonization rate of 95.0%, with 287 Enterobacteriaceae isolates. Escherichia coli (59.6%), Enterobacter spp., (27.9%), and Klebsiella pneumoniae (12.5%) were the bacterial isolates identified. For antibiotic susceptibility, E. coli had sensitivity rate of 78.2% to ciprofloxacin, 73.4% to ofloxacin, 71.8% to sparfloxacin, and 70.9% to pefloxacin, and resistant rates to cotrimoxazole of 73.4%, streptomycin 65.4%, and other antibiotics 63.7%. Klebsiella pneumoniae was sensitive to gentamicin (33.3%), ofloxacin (33.3%), and ciprofloxacin, but resistant to other antibiotics. Enterobacter spp. was sensitive to amoxicillin-clavulanic acid (93.8%), pefloxacin, and streptomycin (70.3%), but resistant to ofloxacin (100.0%), cotrimoxazole (84.5%), chloramphenicol (68.8%), gentamicin (64.1%), amoxicillin (60.9%) and ciprofloxacin (60.9%). A total of 29 resistance patterns were observed in 50 resistant Enterobacteriaceae isolates with 12 MDR patterns observed in 54.0% (n=27) of the isolates.

Conclusion: This study reports faecal Enterobacteriaceae colonization rate of 95% of commercial poultry chicken in Ibadan, southwest Nigeria, belonging to three members of the family Enterobacteriaceae, with high MDR patterns. The high AMR rates can lead to ineffective treatment of infectious diseases in chicken, with associated mortality and a potential source for transmission of AMR pathogens to humans.

Contexte: Les antibiotiques sont importants pour améliorer la santé et la productivité des poulets, mais leur utilisation excessive et inappropriée a conduit au développement d'une résistance aux antimicrobiens (RAM), qui a entraîné un traitement inefficace des maladies infectieuses avec une mortalité associée chez les poulets et une propagation potentielle de ces maladies. Agents pathogènes de la RAM pour les humains. L'objectif de l'étude était d'évaluer les profils de RAM des Entérobactéries à partir d'échantillons fécaux de poules pondeuses à Ibadan, dans le sud-ouest du Nigeria.

Méthodologie: Il s'agissait d'une étude transversale portant sur 200 poules pondeuses apparemment en bonne santé provenant de 10 zones de gouvernement local sélectionnées d'Ibadan, au Nigeria, et à partir desquelles des échantillons cloacaux ont été collectés pour l'isolement des Entérobactéries. Les échantillons ont d'abord été inoculés sur un bouillon tryptone soja (TSB) pour enrichissement, puis repiqués sur des plaques de gélose MacConkey. Des isolats présumés d'Escherichia coli ont été sous-cultivés sur une gélose à l'éosine et au bleu de méthylène (EMB) et des colonies à reflets métalliques verdâtres sur une gélose EMB ont été identifiées comme étant E. coli par la morphologie des colonies et la microscopie à coloration de Gram. Un kit commercial API (Analytical Profile Index) a été utilisé pour confirmer l’identité des isolats d’entérobactéries. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens des isolats ont été réalisés par la technique de diffusion sur disque et les résultats ont été interprétés selon les directives d’Institut des Normes Cliniques et de Laboratoire. Les données ont été analysées sur STATA et p<0,05 a été considéré comme statistiquement significatif.

Résultats: Les résultats ont montré que sur 200 échantillons de poulets, 190 étaient cultivés positifs, soit un taux de colonisation de 95,0%, avec 287 isolats d'Entérobactéries. Escherichia coli (59,6%), Enterobacter spp. (27,9%) et Klebsiella pneumoniae (12,5%) étaient les isolats bactériens identifiés. Pour la sensibilité aux antibiotiques, E. coli avait un taux de sensibilité de 78,2% à la ciprofloxacine, de 73,4% à l'ofloxacine, de 71,8% à la sparfloxacine et de 70,9% à la péfloxacine, et des taux de résistance au cotrimoxazole de 73,4%, à la streptomycine de 65,4% et à d'autres antibiotiques de 63,7%. Klebsiella pneumoniae était sensible à la gentamicine (33,3%), à l'ofloxacine (33,3%) et à la ciprofloxacine, mais résistante à d'autres antibiotiques. Enterobacter spp était sensible à l'amoxicilline-acide clavulanique (93,8%), à la péfloxacine et à la streptomycine (70,3%), mais résistant à l'ofloxacine (100,0%), au cotrimoxazole (84,5%), au chloramphénicol (68,8%), à la gentamicine (64,1%), à l'amoxicilline (60,9 %) et ciprofloxacine (60,9%). Au total, 29 profils de résistance ont été observés dans 50 isolats d'Enterobacteriaceae résistants, avec 12 profils MDR observés dans 54,0% (n=27) des isolats.

Conclusion: Cette étude rapporte un taux de colonisation fécale des Enterobacteriaceae de 95.0% des volailles commerciales d'Ibadan, dans le sud-ouest du Nigeria, appartenant à trois membres de la famille des Enterobacteriaceae, avec des profils MDR élevés. Les taux élevés de RAM peuvent conduire à un traitement inefficace des maladies infectieuses chez le poulet, avec une mortalité associée et une source potentielle de transmission d'agents pathogènes RAM aux humains.

Evaluation of antimicrobial properties of five medicinal plants used against bacterial infections in Jalingo, Nigeria

D. A. Zenoh — 2024-04-03

Background: The prevalent utilization of medicinal plants in communities underscores their promise as antimicrobial agents amid rising antibiotic resistance. This study assesses five medicinal plants; Bambusa vulgaris, Hibiscus sabdariffa, Heteropogon contortus, Moringa oleifera, and Carica papaya against clinical isolates of Salmonella Typhi and Shigella dysenteriae.

Methodology: Five medicinal plants were chosen based on traditional knowledge and ethnobotanical practices. Phytochemical analysis followed standard methods. Plant extracts were prepared using ethanol, ethyl acetate, dichloromethane, and hexane. Various concentrations (R conc., D1 conc., D2 conc, D3 conc, and D4 conc) of the extracts were evaluated using Kirby-Bauer disk diffusion and broth dilution methods to ascertain antimicrobial properties, including minimum inhibitory concentrations (MIC) and minimum bactericidal concentrations (MBC).

Results: Phytochemical analysis revealed abundant saponins, cardiac glycosides, terpenoids, steroids, flavonoids, phenolics, and tannins, notably higher with ethanol extraction. Hibiscus sabdariffa demonstrated potent activity against S. Typhi with inhibition zone diameters of 29.00 mm (R conc), 27.00 mm (D1 conc), 14.00 mm (D2 conc), and 4.00 mm (D3 conc). Heteropogon contortus exhibited activity against S. dysenteriae with inhibition zone diameter of 25.05 mm (R conc), 15.00 mm (D1 conc), 10.00 mm (D2 conc), and 5.00 mm (D3 onc). The inhibition zone diameters of B. vulgaris were 18.50 mm (R conc), 17.00 mm (D1 conc), and 10.00 mm (D2 conc) against S. dysenteriae. The MIC and MBC were similar for both organisms, with H. sabdariffa (MIC: D3-4.27 mg/mL, MBC: D1-68.25 mg/mL) and H. contortus (MIC: D3-4.69 mg/mL, MBC: R-75.00 mg/mL), while M. oleifera, C. papaya, and B. vulgaris had negligible antimicrobial activity.

Conclusion: Hibiscus sabdariffa and H. contortus exhibited potent antimicrobial effects against Salmonella, with MICs of 4.27 mg/mL and 4.69 mg/mL, and MBCs of 68.25 mg/mL and 75.00 mg/mL respectively. Their consistent low MICs against Shigella suggest their potentials for antibiotic production.

Contexte: L’utilisation répandue des plantes médicinales dans les communautés souligne leur promesse en tant qu’agents antimicrobiens dans un contexte de résistance croissante aux antibiotiques. Cette étude évalue cinq plantes médicinales; Bambusa vulgaris, Hibiscus sabdariffa, Heteropogon contortus, Moringa oleifera et Carica papaya contre les isolats cliniques de Salmonella Typhi et Shigella dysenteriae.

Méthodologie: Cinq plantes médicinales ont été choisies sur la base des connaissances traditionnelles et des pratiques ethnobotaniques. L'analyse phytochimique a suivi les méthodes standard. Des extraits de plantes ont été préparés en utilisant de l'éthanol, de l'acétate d'éthyle, du dichlorométhane et de l'hexane. Diverses concentrations (R conc., D1 conc., D2 conc., D3 conc et D4 conc) des extraits ont été évaluées à l'aide des méthodes de diffusion sur disque Kirby-Bauer et de dilution en bouillon pour vérifier les propriétés antimicrobiennes, y compris les concentrations minimales inhibitrices (CMI) et les concentrations minimales concentrations bactéricides (MBC).

Résultats: L'analyse phytochimique a révélé une abondance de saponines, de glycosides cardiaques, de terpénoïdes, de stéroïdes, de flavonoïdes, de composés phénoliques et de tanins, notamment plus élevés avec l'extraction à l'éthanol. Hibiscus sabdariffa a démontré une activité puissante contre S. Typhi avec des diamètres de zone d'inhibition de 29,00 mm (conc R), 27,00 mm (conc D1), 14,00 mm (conc D2) et 4,00 mm (conc D3). Heteropogon contortus a présenté une activité contre S. dysenteriae avec un diamètre de zone d'inhibition de 25,05 mm (R conc), 15,00 mm (D1 conc), 10,00 mm (D2 conc) et 5,00 mm (D3 onc). Les diamètres des zones d'inhibition de B. vulgaris étaient de 18,50 mm (conc R), 17,00 mm (conc D1) et 10,00 mm (conc D2) contre S. dysenteriae. La CMI et la MBC étaient similaires pour les deux organismes, avec H. sabdariffa (CMI: D3-4,27 mg/mL, MBC: D1-68,25 mg/mL) et H. contortus (CMI: D3-4,69 mg/mL, MBC: R -75,00 mg/mL), tandis que M. oleifera, C. papaya et B. vulgaris avaient une activité antimicrobienne négligeable.

Conclusion: Hibiscus sabdariffa et H. contortus ont présenté de puissants effets antimicrobiens contre Salmonella, avec des CMI de 4,27 mg/mL et 4,69 mg/mL et des MBC de 68,25 mg/mL et 75,00 mg/mL respectivement. Leurs CMI constamment faibles contre Shigella suggèrent leur potentiel de production d’antibiotiques.

Isolation and biocontrol of bacteriophages from wastewater in the city of Lomé, Togo: potential application as a novel source for antimicrobial therapy

A. K. Ouedraogo — 2024-04-03

Background: Bacteriophages offer one of the most promising solutions to the challenges of antimicrobial resistance in bacteria. The aim of this study is to investigate bacteriophages as a source of new antimicrobial therapy.

Methodology: Waste water samples were randomly collected from 8 different locations in the city of Lomé for bacteriophage isolation. The phages were isolated using multi-resistant clinical isolates (Escherichia coli 1642 and Staphylococcus aureus 0868) as hosts by means of a spot test. The host range of the phages was determined also by a spot test using 8 other clinical bacterial isolates including two reference strains (E. coli ATCC 25922 and S. aureus ATCC 29213). The virulence of the phages and their effects on bacterial growth were assessed by in vitro experiments using E. coli 1642 BBec phage suspension.

Results: Isolation of phages by the spot test was positive only with the host E. coli 1642. A reduced host range was observed with the other bacteria. The BBec phage suspension showed a titer of 1.6 x 10⁷ PFU/ml. Virulence studies revealed a latency time of less than 10 minutes, a degree of absorption of 87% and a burst size of 63 PFU/cell. The effect of BBec phage suspension on E. coli 1642 showed an almost total reduction in the population of E. coli 1642 after 4 hours.

Conclusion: This study provided scientific data showing the antibacterial effect of a phage suspension (BBec) on a multi-resistant clinical isolate of E. coli 1642. This phage could therefore be explored as a candidate for the development of new antibacterial therapies.

Contexte : Face aux problèmes de multirésistance des bactéries aux agents antimicrobiens, les bactériophages représentent l’une des solutions les plus prometteuses. L’objectif de ce travail est d’étudier les bactériophages en tant que source de nouvelles thérapies antimicrobiennes .

Méthodologie : Des échantillons d'eaux usées ont été collectés de manière aléatoire dans 8 endroits différents de la ville de Lomé pour l'isolement des bactériophages. Les phages ont été isolés en utilisant comme hôtes, des isolats cliniques ( Escherichia coli 1642 et Staphylococcus aureus 0868 ) multirésistants par le biais d’un test ponctuel. La gamme d’hôte des phages a également été déterminée par un test ponctuel utilisant 8 autres isolats dont deux souches de référence ( E. coli ATCC 25922 et S. aureus 29213)29213). L’évaluation de la virulence des phages et leurs effets sur la croissance des bactéries ont été réalisés à travers des expérimentations in vitro avec une suspension de phages d’ E. coli désignée BB ec .

Résultats : L’isolement des phages par le test ponctuel s’est révélé positif seulement avec l’hôte E. coli 1642. Une gamme d’hôte réduite a été observée avec les autres bactéries. La suspension de phage BBec a présenté un titre de 1,6 x 10⁷ UFP/ml. L’étude de sa virulence a révélé un temps de latence inférieur à 10 minutes, un degré d’absorption de 87% et une taille de rafale de 63 UFP/Cellule. L’effet de la suspension phagique BBec sur l’isolat E. coli 1642 a montré une réduction quasi totale de la population de l’isolat E. coli 1642 au bout de 4 h.

Conclusion : Cette étude a permis de fournir des données scientifiques qui montrent l’effet antibactérien d’une suspension de phage (BBec) sur un isolat clinique multirésistant E. coli 1642. Ce ph age pourrait donc être exploré comme candidat au développement de nouvelles thérapies antibactériennes.

Need for standardization and compliance to treatment protocols for COVID-19 within the African Region of the World Health Organization

W. L. Fuller — 2024-04-03

COVID-19 pandemic changed the face of global health and brought about new issues in global health security and economy. The World Health Organization published guidelines for clinical management of COVID-19 four months after declaration of COVID-19 as a pandemic. Scholarly reviews and studies from member states within WHO AFRO reveals significant deviation from the WHO published protocols on COVID-19. Assessment of national treatment protocols of 30 of 47 WHO AFRO member states showed widespread inappropriate use of antimicrobial agents for patients, which may worsen the global and concerning threat of antimicrobial resistance. There is need for adopting interventions that optimize antimicrobial use in the context of pre- and post-pandemic preparedness to ensure long-term effectiveness and sustainability for antimicrobials. Treatment guidelines are to be adopted or adapted depending on best clinical evidence available. Non-compliance with guidelines might lead to mismanagement of infectious diseases with attendant negative consequences including antimicrobial resistance and misdirection of critical resources and supplies amongst others.