African Journal of Clinical and Experimental Microbiology https://www.ajol.info/index.php/ajcem <p><em>African Journal of Clinical and Experimental Microbiology&nbsp;</em>is the official Journal of the African Society for Clinical and Experimental Microbiology. It publishes original research, review papers, case reports/series, short communications and letters to the editors, in all aspects of Medical Microbiology including Bacteriology, Virology, Rickettsiology and Chlamydiology, Mycology, Mycobacteriology and Actinomycetes, Parasitology, Molecular Genetics in relation to microorganisms and humans, Clinical Microbiology, Clinical Veterinary Microbiology, and Public Health Microbiology.</p> <p>Other websites associated with this journal:&nbsp;<a href="https://www.afrjcem.org/">https://www.afrjcem.org</a></p> AJCEM Life line Publishers en-US African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 1595-689X Copyright for articles published in this journal is retained by the journal. COP27 Climate Change conference: Urgent action needed for Africa and the world https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234525 <p>No abstract</p> Lukoye Atwole Gregory E. Erhabor Aiah A. Gbakima Abraham Haileamlak Jean-Marie Kayembe Ntumba James Kigera Laurie Laybourn-Langton Bob Mash Joy Muhia Fhumulani Mavis Mulaudzi David Ofori-Adjei Friday Okonofua Arash Rashidian Maha El-Adawy Siaka Sidibé Abdelmadjid Snouber James Tumwine Mohammad Sahar Yassien Paul Yonga Lilia Zakhama Chris Zielinski Copyright (c) 2022-10-23 2022-10-23 23 4 10.4314/ajcem.v23i4.1 A systematic review of clinical characteristics, co-morbidities and outcomes of COVID-19 in children and adolescents https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234526 <p><strong>Background:</strong> COVID-19 is a major global health challenge that has affected all age groups and gender, with over 5 million deaths reported worldwide to date. The objective of this study is to assess available information on COVID-19 in children and adolescents with respect to clinical characteristics, co-morbidities, and outcomes, and identify gaps in the literatures for appropriate actions.</p> <p><strong>Methodology</strong>: Electronic databases including Web of Science, PubMed, Scopus, and Google Scholar were searched for observational studies such as case series, cross-sectional and cohort studies published from December 2019 to September 2021, using the Preferred Reporting Items for Systematic Reviews and Meta-Analyses (PRISMA) guide. Data extracted included (i) patient demography (age and gender), (ii) clinical characteristics including vaccination status and presence of co-morbidities, (iii) clinical management including the use of sequential organ failure assessment (SOFA) scores, oxygen requirement, use of mechanical ventilation, and (iv) disease outcomes including length of hospital and intensive care unit (ICU) admission, recovery, complications with sequelae, or death. Data were analyzed using descriptive statistics.</p> <p><strong>Results:</strong> A total of 11 eligible studies were included with a total of 266 children and adolescents; 137 (51.5%) females and 129 (48.5%) males. The mean age of the children was 9.8 years (range of 0 - 19 years), and children ≥ 6 years were more affected (40.7%) than age groups 1 - 5 years (31.9%) and &lt; 1 year (27.4%). The major co-morbidities were respiratory diseases including pre-existing asthma (3.4%), neurologic conditions (3.4%) and cardiac pathology (2.3%). Majority (74.8%, 199/266) of the patients were discharged without sequelae, 0.8% (2/266) were discharged with sequalae from one study, and mortality of 1.9% (5/266) was reported, also from one study. SOFA scores of patients at admission were not stated in any of the study, while only one study reported patient vaccination status.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: It is recommended that safe vaccines for children &lt; 1 year of age should be developed in addition to other preventive measures currently in place. SOFA scores should be used to assess risk of COVID-19 severity and monitor prognosis of the disease, and vaccination status of children should be documented as this may impact the management and prognosis of the disease.</p> <p><strong>Contexte</strong>: Le COVID-19 est un défi sanitaire mondial majeur qui a touché tous les groupes d'âge et tous les sexes, avec plus de 5 millions de décès signalés dans le monde à ce jour. L'objectif de cette étude est d'évaluer les informations disponibles sur le COVID-19 chez les enfants et les adolescents en ce qui concerne les caractéristiques cliniques, les comorbidités et les résultats, et d'identifier les lacunes dans la littérature pour des actions appropriées.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Des bases de données électroniques, notamment Web of Science, PubMed, Scopus et Google Scholar, ont été recherchées pour des études d'observation telles que des séries de cas, des études transversales et de cohorte publiées de décembre 2019 à septembre 2021, en utilisant les éléments de rapport préférés pour les revues systématiques et les méta -Guide des analyses (PRISMA). Les données extraites comprenaient (i) la démographie des patients (âge et sexe), (ii) les caractéristiques cliniques, y compris le statut vaccinal et la présence de comorbidités, (iii) la prise en charge clinique, y compris l'utilisation des scores d'évaluation séquentielle des défaillances d'organes (SOFA), les besoins en oxygène, l'utilisation de la ventilation mécanique et (iv) les résultats de la maladie, y compris la durée de l'admission à l'hôpital et en unité de soins intensifs (USI), la récupération, les complications avec séquelles ou le décès. Les données ont été analysées à l'aide de statistiques descriptives.</p> <p><strong>Résultats:</strong> Un total de 11 études éligibles ont été incluses avec un total de 266 enfants et adolescents ; 137 (51,5%) femmes et 129 (48,5%) hommes. L'âge moyen des enfants était de 9,8 ans (intervalle de 0 à 19 ans), et les enfants ≥ 6 ans étaient plus touchés (40,7%) que les tranches d'âge 1-5 ans (31,9%) et &lt; 1 an (27,4%). Les principales comorbidités étaient les maladies respiratoires, y compris l'asthme préexistant (3,4%), les troubles neurologiques (3,4 %) et la pathologie cardiaque (2,3%). La majorité (74,8%, 199/266) des patients sont sortis sans séquelles, 0,8% (2/266) sont sortis avec des séquelles d'une étude et une mortalité de 1,9% (5/266) a été rapportée, également d'une étude. Les scores SOFA des patients à l'admission n'ont été indiqués dans aucune des études, tandis qu'une seule étude a rapporté le statut vaccinal des patients.</p> <p><strong>Conclusion:</strong> Il est recommandé que des vaccins sûrs pour les enfants de &lt; 1 an soient développés en plus des autres mesures préventives actuellement en place. Les scores SOFA doivent être utilisés pour évaluer le risque de gravité du COVID-19 et surveiller le pronostic de la maladie, et le statut vaccinal des enfants doit être documenté car cela peut avoir un impact sur la gestion et le pronostic de la maladie.</p> B. Adegboro T.O. Musa-Booth I.N. Mba R.R. Ibrahim N. Medugu S.A. Abayomi M. Babazhitsu Copyright (c) 2022-10-23 2022-10-23 23 4 335 344 10.4314/ajcem.v23i4.2 A review of the role of infections in the aetiology of haemolysis in patients with sickle cell diseases: pathogenesis, management, and prevention https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234533 <p><strong>Background:</strong> Sickle cell disease (SCD) is associated with chronic haemolysis, immuno-suppression and susceptibility to infections, which may trigger infection-associated haemolysis (IAH). SCD patients are vulnerable to anaemic effect of IAH due to vicious interaction between pre-existing ‘inherited’ chronic haemolysis and ‘acquired’<br>IAH. IAH in SCD manifests as febrile haemolytic crisis with clinical and laboratory features of severe anaemia or pancytopenia. Clinico-pathological perspectives of IAH in SCD are fragmented. This review presents a comprehensive but concise overview of pathogenesis, management and prevention of IAH in SCD.<br><strong>Methodology and results</strong>: Online literature search using search terms such as ‘sickle cell disease, viral, bacterial, parasitic, fungal, infections, hyperhaemolytic crisis, haemophagocytic syndrome, severe anaemia, pancytopenia’ in various combinations was done on PubMed/Medline, Google, Google-Scholar and Bing. Overall, 112 relevant publications were retrieved, which included 109 peer reviewed journal articles, 2 World Health Organization (WHO) technical reports, and 1 edited text book. A range of bacterial (Bartonella spp, <em>Mycoplasma</em> spp., <em>Mycobacterium avium</em> complex), viral (Dengue, SARS-CoV-2, <em>Parvovirus</em>-B19, Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus), parasitic<br>(<em>Plasmodium</em> spp., Babesia spp.), and fungal (Histoplasma spp.) infections were associated with IAH in SCD. There are two broad types of IAH in patients with SCD; infection associated extra-medullary haemolysis (IAEMH) and infection associated intra-medullary haemolysis (IAIMH). While IAEMH is associated with severe anaemia due to intravascular haemolysis caused by red cell invasion, oxidative injury, auto-antibodies, and/or pathogen-haem interaction, IAIMH is associated with haemophagocytic tri-lineage destruction of haematopoietic precursors in the bone marrow.<br><strong>Conclusion:</strong> Various microbial pathogens have been associated with IAH in SCD. SCD patients with fever, severe anaemia or pancytopenia should be investigated for early diagnosis and prompt treatment of IAH, which is a lifethreatening<br>haematological emergency for which transfusion therapy alone may not suffice. Prompt and sustainable termination of IAH may require therapeutic combination of transfusion, anti-microbial chemotherapy, and immune modulation therapy. SCD patients should also receive counselling on hygiene, barrier protection against vectors, routine chemoprophylaxis for locally endemic diseases, and immunization for vaccine-preventable infections as a long-term preventive strategy against IAH.</p> <p><strong>Contexte:</strong> La drépanocytose (SCD) est associée à une hémolyse chronique, à une immunosuppression et à une susceptibilité aux infections, ce qui peut déclencher une hémolyse associée à une infection (HIA). Les patients<br>atteints de SCD sont vulnérables à l'effet anémique de l'HIA en raison de l'interaction vicieuse entre l'hémolyse chronique "héréditaire" préexistante et l'HIA "acquise". L'HIA dans la SCD se manifeste par une crise hémolytique fébrile avec des caractéristiques cliniques et de laboratoire d'anémie sévère ou de pancytopénie. Les perspectives clinico-pathologiques de l'HIA dans la SCD sont fragmentées. Cette revue présente un aperçu complet mais concis de la pathogenèse, de la gestion et de la prévention de l'HIA dans la drépanocytose.<br><strong>Méthodologie et résultats</strong>: Une recherche documentaire en ligne à l'aide de termes de recherche tels que "drépanocytose, virale, bactérienne, parasitaire, fongique, infections, crise hyperhémolytique, syndrome hémophagocytaire,<br>anémie sévère, pancytopénie" dans diverses combinaisons a été effectuée sur PubMed/Medline, Google, Google-Scholar et Bing. Au total, 112 publications pertinentes ont été récupérées, dont 109 articles de revues à comité de lecture, 2 rapports techniques de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) et 1 manuel édité. Une<br>gamme bactérienne (<em>Bartonella</em> spp, <em>Mycoplasma</em> spp., <em>Mycobacterium avium</em> complex), virale (Dengue, SARS-CoV-2, Parvovirus-B19, Cytomegalovirus, Epstein-Barr virus), parasitaire (<em>Plasmodium</em> spp., <em>Babesia</em> spp.), et les<br>infections fongiques (Histoplasma spp) étaient associées à l'IAH dans la SCD. Il existe deux grands types d'HIA chez les patients atteints de SCD; hémolyse extra-médullaire associée à une infection (IAEMH) et hémolyse intramédullaire<br>associée à une infection (IAIMH). Alors que l'IAEMH est associée à une anémie sévère due à une hémolyse intravasculaire causée par l'invasion des globules rouges, une lésion oxydative, des auto-anticorps et/ou une interaction pathogène-hème, l'IAEMH est associée à la destruction tri-lignée hémophagocytaire des précurseurs<br>hématopoïétiques dans la moelle osseuse.<br><strong>Conclusion:</strong> Divers agents pathogènes microbiens ont été associés à l'IAH dans la SCD. Les patients atteints de SCD avec de la fièvre, une anémie sévère ou une pancytopénie doivent être examinés pour un diagnostic précoce et un traitement rapide de l'HIA, qui est une urgence hématologique potentiellement mortelle pour laquelle la thérapie transfusionnelle seule peut ne pas suffire. L'arrêt rapide et durable de l'HIA peut nécessiter une combinaison thérapeutique de transfusion, de chimiothérapie antimicrobienne et de thérapie de modulation immunitaire. Les<br>patients atteints de drépanocytose devraient également recevoir des conseils sur l'hygiène, la barrière de protection contre les vecteurs, la chimioprophylaxie de routine pour les maladies endémiques locales et la vaccination contre<br>les infections évitables par la vaccination en tant que stratégie préventive à long terme contre l'HIA.</p> S.G. Ahmed U.A. Ibrahim Copyright (c) 2022 2022-10-23 2022-10-23 23 4 345 357 10.4314/ajcem.v23i4.3 A point-prevalence survey of carbapenem-resistant Enterobacteriaceae in two different cities in Kuwait and Nigeria https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234540 <p><strong>Background:</strong> The family Enterobacteriaceae belongs to the order Enterobacterales, a large diverse group of Gramnegative, facultatively anaerobic bacteria that sometimes cause multidrug-resistant infections which treatment options are often challenging. They are the leading cause of nosocomial bloodstream infection (BSI) and urinary tract infections (UTI). The objective of the study was to carry out a point-prevalence survey of antimicrobial resistance and carbapenem-resistant Enterobacteriaceae (CRE) clinical isolates in two hospitals in Kuwait and Nigeria.<br><strong>Methodology:</strong> Clinically significant bacterial isolates of patients from Kuwait and Nigeria, identified by VITEK-2 and MALDI-TOF mass spectrometry analysis were studied. Susceptibility testing of selected antibiotics was performed using E-test and broth dilution methods. Genes encoding carbapenemase, β-lactamases, and extended-spectrum β-lactamases (ESBLs) were detected by conventional PCR and sequencing, and whole genome sequencing (WGS) analyses.<br><strong>Results:</strong> Of 400 isolates from Kuwait and Nigeria, 188 (47.0%) and 218 (54.5%) were <em>Escherichia coli</em> and 124 (31.0%) and 116 (29.0%) <em>Klebsiella</em> <em>pneumoniae</em>, respectively. The prevalence of CRE was 14.0% in Kuwait and 8.0% in Nigeria. The resistance rates of CRE isolates against colistin and tigecycline in Kuwait were 6.6% versus 25.0%, and in Nigeria were 14.2% versus 14.2%, respectively. blaOXA-181 gene was the commonest in CRE isolates in Kuwait and blaNDM-7 in Nigeria. The commonest ESBL gene among the CRE isolates was blaCTX-M-15 in both countries. AmpC resistance genes were present in only Kuwait isolates and mediated by blaEBC, blaCIT and blaDHA. WGS analysis of 12 selected CRE isolates with carbapenem MICs&gt;32μg/ml but no detectable genes from conventional PCR, revealed the presence of multidrug efflux pump genes such as major facilitator superfamily antibiotic efflux pump and resistance-nodulation-cell division antibiotic efflux pump groups.<br><strong>Conclusion:</strong> The prevalence of CRE was higher among isolates from Kuwait than Nigeria and the genes encoding resistance in CRE were different. The presence of efflux pump was a main mechanism of resistance in most of the Nigerian CRE isolates.</p> <p><strong>Contexte</strong>: La famille des Entérobactéries appartient à l'ordre des Entérobactéries, un grand groupe diversifié de bactéries anaérobies facultatives à Gram négatif qui provoquent parfois des infections multirésistantes dont les options de traitement sont souvent difficiles. Ils sont la principale cause d'infections nosocomiales du sang (BSI) et d'infections des voies urinaires (UTI). L'objectif de l'étude était de mener une enquête sur la prévalence ponctuelle de la résistance aux antimicrobiens et des isolats cliniques d'entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) dans deux hôpitaux au Koweït et au Nigeria.<br><strong>Méthodologie:</strong> Des isolats bactériens cliniquement significatifs de patients du Koweït et du Nigéria, identifiés par analyse par spectrométrie de masse VITEK-2 et MALDI-TOF, ont été étudiés. Les tests de sensibilité des antibiotiques sélectionnés ont été effectués à l'aide des méthodes de test E et de dilution en bouillon. Les gènes codant pour la carbapénémase, les β-lactamases et les β-lactamases à spectre étendu (BLSE) ont été détectés par PCR et séquençage conventionnels et analyses de séquençage du génome entier (WGS).<br><strong>Résultats:</strong> Sur 400 isolats du Koweït et du Nigéria, 188 (47,0%) et 218 (54,5%) étaient <em>Escherichia coli</em> et 124 (31,0%) et 116 (29,0%)<em> Klebsiella</em> <em>pneumoniae</em>, respectivement. La prévalence de la CRE était de 14,0% au Koweït et de 8,0% au Nigeria. Les taux de résistance des isolats CRE à la colistine et à la tigécycline au Koweït étaient de 6,6% contre 25,0%, et au Nigeria de 14,2% contre 14,2%, respectivement. Le gène blaOXA-181 était le plus courant dans les isolats CRE au Koweït et blaNDM-7 au Nigeria. Le gène BLSE le plus courant parmi les isolats CRE était blaCTX-M-15 dans les deux pays. Les gènes de résistance à l'AmpC étaient présents uniquement dans les isolats du Koweït et médiés par blaEBC, blaCIT et blaDHA. L'analyse WGS de 12 isolats CRE sélectionnés avec des CMI de carbapénème &gt;32 μg/ml mais aucun gène détectable par PCR conventionnelle, a révélé la présence de gènes de pompe d'efflux multidrogues tels que la pompe d'efflux antibiotique de la superfamille facilitatrice majeure et les groupes de pompe d'efflux antibiotique de division cellulaire de résistance-nodulation.<br><strong>Conclusion:</strong> La prévalence de la CRE était plus élevée parmi les isolats du Koweït que du Nigeria et les gènes codant pour la résistance à la CRE étaient différents. La présence d'une pompe à efflux était un mécanisme principal de résistance dans la plupart des isolats CRE Nigérians.</p> W. Jamal K. Iregbu A. Fadhli F. Khodakhast P. Nwajiobi-Princewill N. Medugu V.O. Rotimi Copyright (c) 2022-10-23 2022-10-23 23 4 358 368 10.4314/ajcem.v23i4.4 Profile of multidrug-resistant clinical bacterial isolates at the National Hospital of Zinder (NHZ), Niger Republic in 2021 https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234555 <p><strong>Background</strong>: Today, bacterial resistance is a public health challenge throughout the world, and infections caused by resistant bacteria are associated with increased morbidity, mortality and health care costs. The objective of this descriptive study is to determine the prevalence and distribution of multi-drug resistant (MDR) clinical bacteria isolates at the National Hospital of Zinder, Niger Republic in 2021.<br><strong>Methodology</strong>: We conducted a descriptive cross-sectional study of in- and out-patients from whose clinical samples’ bacteria were isolated at the bacteriology unit of the laboratory. Bacteria were isolated from the clinical samples following standard aerobic cultures and identified using conventional biochemical test schemes. Antibiotic susceptibility testing (AST) was performed by the agar disk diffusion technique, and categorization of the isolates into sensitive, intermediate or resistant was done according to the recommendations of the Antibiogram Committee of the French Society of Microbiology (CA-SFM) 2020 version 1.2. MDR was defined as resistance to at least one antibiotic in three or more categories, while selected MDR bacteria such as ESBL was identified using double disk synergy test, and MRSA by cefoxitin disk diffusion test.<br><strong>Results</strong>: Seventy-seven (6.7%) bacterial species were isolated from 1153 clinical samples processed at the bacteriology unit of the hospital laboratory between June and December 2021, of which 65.0% (50/77) were members of the order Enterobacteriales.<em> Escherichia coli</em> represented 40.3% (40/77) of the isolated bacteria,<em> Staphylococcus aureus</em> 13.0% (10/77) and <em>Pseudomonas aeruginosa</em> 11.7% (9/77). The overall prevalence of MDR was 44.2% (34/77), including 61.8% (21/34) ESBL-producin<em>g Enterobacteriales</em> (ESBL-E), 26.5% (9/34) multi-resistant <em>P. aeruginosa</em> and 11.7% (4/34) MRSA, with 67.6% (23/34) of the MDR isolates from outpatients. Resistance rates of the Enterobacteriales to ciprofloxacin, gentamicin, amikacin and imipenem were 62.0%, 52.0%, 38.0% and 8.0% respectively. Resistance rates of<em> P. aeruginosa</em> were 100.0%, 88.9%, 77.8%, 33.3%, 22.2%, and 22.2% respectively to ceftazidime, ticarcillin, imipenem, ciprofloxacin, levofloxacin, and amikacin. Resistance rates of <em>S. aureus</em> were 100.0%, 50.0%, 40.0%, 10.0%, 0% and 0% to penicillin G, erythromycin, cefoxitin, tetracycline, fusidic acid, and chloramphenicol respectively. ESBL-E were 47.6%, 85.7% and 0% resistant to amikacin, ciprofloxacin and imipenem, and MRSA resistance rates were 75.0%, 75.0%, 50.0% and 0% to erythromycin, tetracycline, gentamicin, and chloramphenicol respectively.<br><strong>Conclusion</strong>: This study reports high prevalence of MDR bacteria, mainly ESBL-E, with concerning high resistance to carbapenem. Rational use of antibiotics and implementation of surveillance system for MDR bacteria must be implemented in order to limit the emergence and spread of MDR bacteria in Niger Republic.</p> <p><strong>Contexte</strong>: Aujourd'hui, la résistance bactérienne est un défi de santé publique dans le monde entier, et les infections causées par des bactéries résistantes sont associées à une augmentation de la morbidité, de la mortalité et des coûts des soins de santé. L'objectif de cette étude descriptive est de déterminer la prévalence et la distribution des isolats cliniques de bactéries multirésistantes (MDR) à l'Hôpital National de Zinder,<br>République du Niger en 2021.<br><strong>Méthodologie:</strong> Nous avons mené une étude transversale descriptive des patients hospitalisés et ambulatoires dont les bactéries des échantillons cliniques ont été isolées à l'unité de bactériologie du laboratoire. Les bactéries ont été isolées des échantillons cliniques à la suite de cultures aérobies standard et identifiées à l'aide de schémas de tests biochimiques conventionnels. Les antibiogrammes (AST) ont été réalisés par la technique de diffusion sur disque de gélose, et la catégorisation des isolats en sensibles, intermédiaires ou résistants a été faite selon les recommanda- tions du Comité Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM) 2020 version 1.2. La MDR a été définie comme la résistance à au moins un antibiotique dans trois catégories ou plus, tandis que certaines bactéries MDR telles que les BLSE ont été identifiées à l'aide d'un test de synergie à double disque et le SARM par le test de diffusion sur disque de céfoxitine.<br><strong>Résultats:</strong> Soixante-dix-sept (6,7%) espèces bactériennes ont été isolées à partir de 1153 échantillons cliniques traités à l'unité de bactériologie du laboratoire hospitalier entre juin et décembre 2021, dont 65,0% (50/77) appartenaient à l'ordre des <em>Enterobacteriales. Escherichia coli</em> représentait 40,3% (40/77) des bactéries isolées, <em>Staphylococcus aureus</em> 13,0% (10/77) et <em>Pseudomonas aeruginosa</em> 11,7% (9/77). La prévalence globale des MDR était de 44,2% (34/77), dont 61,8% (21/34) d'Enterobacteriales productrices de BLSE (BLSE-E), 26,5% (9/34) de <em>P. aeruginosa</em> multirésistantes et 11,7% (4/34) SARM, avec 67,6% (23/34) des isolats de MDR provenant de patients externes. Les taux de résistance des<em> Enterobacteriales</em> à la ciprofloxacine, à la gentamicine, à l'amikacine et à l'imipénème étaient respectivement de 62,0%, 52,0%, 38,0% et 8,0%. Les taux de résistance de<em> P. aeruginosa</em> étaient respectivement de 100,0%, 88,9%, 77,8%,33,3%, 22,2% et 22,2% à la ceftazidime, à la ticarcilline, à l'imipénème, à la ciprofloxacine, à la lévofloxacine et à l'amikacine. Les taux de résistance de<em> S. aureu</em>s étaient respectivement de 100,0%, 50,0%, 40,0%, 10,0%, 0% et 0% à la pénicilline G, à l'érythromycine, à la céfoxitine, à la tétracycline, à l'acide fusidique et au chloramphénicol. Les BLSE-E étaient de 47,6%, 85,7% et 0% de résistance à l'amikacine, à la ciprofloxacine et à l'imipénème, et les taux de résistance au SARM étaient respectivement de 75,0%, 75,0%, 50,0% et 0% à&nbsp;l'érythromycine, la tétracycline, la gentamicine et le chloramphénicol.&nbsp;<br><strong>Conclusion:</strong> Cette étude rapporte une prévalence élevée de bactéries MDR, principalement des BLSE-E, avec une résistance élevée aux carbapénèmes. L'utilisation rationnelle des antibiotiques et la mise en place d'un système de surveillance des bactéries MDR doivent être mises en oeuvre afin de limiter l'émergence et la propagation des bactéries MDR en République du Niger.</p> O. Abdoulaye B. Sidi Maman Bacha N. Hama Aghali I. Abdoulaye M.B. Abdoulaye G. Lo A. Yacouba S. Chaibou D. Alhousseini Maiga A. Biraima M.L. Harouna Amadou M. Doutchi M.L. Bako Saley S. Maman Sani Falissou M. Moussa S. Mamadou Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 369 377 10.4314/ajcem.v23i4.5 <i>In vitro</i> antibiotic susceptibility of bacterial pathogens and risk factors associated with culture positive neonatal sepsis in two hospitals, Katsina metropolis, Nigeria https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234631 <p><strong>Background</strong>: Neonatal sepsis is one of the most important causes of morbidity and mortality among neonates, particularly in developing countries. This study aimed to determine the risk factors and in vitro antibiotic susceptibility patterns of bacterial pathogens associated with neonatal sepsis in Federal Medical Centre (FMC) and Turai Umaru Yar’adua Maternal and Children Hospital (TUYMCH), Katsina, Nigeria.<br><strong>Methodology:</strong> A total of 60 hospitalized neonates evaluated for neonatal sepsis at the special care baby units (SCBU) of the two healthcare facilities whose parents gave informed consent were enrolled for the study between July and December 2020. Blood samples were aseptically collected from the neonates and cultured on BacT/Alert automated platform (BioMérieux, Mercy-Etoile, France) machine. Bacteria were identified from all positive cultures and<em> in vitro </em>susceptibility test was performed on the isolates to determine their minimum inhibitory concentrations (MICs) to eight selected antibiotics using the Vitek-2 compact system. Data were analyzed by SPSS version 22.0.<br><strong>Results:</strong> A total of 60 neonates with clinical features suggestive of sepsis were enrolled. The mean age of the neonates is 1.35±0.48 days while the mean weight is 2.13±0.89 kg. Neonates with early onset sepsis (&lt;3 days) constituted&nbsp; 65% while those with late-onset sepsis (&gt;3 days) constituted 35%. Thirty-one (51.7%) neonates were culture positive while 29 (48.3%) were culture negative for bacterial pathogens. Gram-positive bacteria predominated, constituting 80.6% while Gram-negative bacteria constituted 19.4%. The most frequent Gram-positive bacteria were coagulase-negative <em>staphylococci</em> (51.6%, 16/31), with <em>Staphylococcus haemolyticus</em> 5 (16.1%) predominating, while the most frequent Gram-negative bacteria isolate was<em> Escherichia coli</em> 2 (6.5%). A high degree of antibiotic resistance (&gt;50% rate) was exhibited by the isolates against most of the tested antibiotics including third generation cephalosporins and fluoroquinolones. Gentamicin was the only antibiotic effective, with 65.5% of all isolates sensitive to it; 68.0% Gram-positives and 50.0% Gram-negatives. Vancomycin was also effective against Gram-positive bacteria, with 68.0% of the isolates sensitive to it. Previous premature delivery (64.5%, 20/31) and baby delivery at home were respectively the only maternal and neonatal factors significantly associated with culture-positive neonatal sepsis (OR=2.975, 95% CI=1.040-8.510). There was no significant difference between culture positive and negative neonatal sepsis with respect to clinical manifestations such as refusal of feeds, fever, jaundice, fast breathing, convulsion and body temperature (<em>p</em>&gt;0.05).<br><strong>Conclusion</strong>: Neonatal sepsis is a substantial cause of mortality and morbidity among neonates admitted at the FMC and TUYMCH, Katsina, Nigeria. There is a need for regular surveillance of the risk factors, causative organisms, and antibiotic susceptibility patterns of isolated pathogens, to inform the choice of empirical antibiotic treatment pending the results of blood cultures.</p> <p><strong>Contexte</strong>: La septicémie néonatale est l'une des causes les plus importantes de morbidité et de mortalité chez les nouveau-nés, en particulier dans les pays en développement. Cette étude visait à déterminer les facteurs de risque et les schémas de sensibilité aux antibiotiques <em>in vitro</em> des agents pathogènes bactériens associés à la septicémie néonatale dans le Centre Médical Fédéral (FMC) et le Turai Umaru Yar'adua Hôpital de la Mère et de l'Enfant (TUYMCH), Katsina, Nigeria.<br><strong>Méthodologie</strong>: Un total de 60 nouveau-nés hospitalisés évalués pour une septicémie néonatale dans les unités de soins spéciaux pour bébés (SCBU) des deux établissements de santé dont les parents ont donné leur consentement éclairé ont été inclus dans l'étude entre juillet et décembre 2020. Des échantillons de sang ont été prélevés de manière aseptique sur les nouveau-nés et cultivés sur la plate-forme automatisée BacT/Alert (BioMérieux, Mercy-Etoile, France). Les bactéries ont été identifiées à partir de toutes les cultures positives et un test de sensibilité <em>in vitro</em> a été effectué sur les isolats pour déterminer leurs concentrations minimales inhibitrices (CMI) à huit antibiotiques sélectionnés à l'aide du système compact Vitek-2. Les données ont été analysées par SPSS version 22.0.<br><strong>Résultats:</strong> Au total, 60 nouveau-nés présentant des caractéristiques cliniques évoquant une septicémie ont été recrutés. L'âge moyen des nouveau-nés est de 1,35±0,48 jours alors que le poids moyen est de 2,13±0,89 kg. Les nouveau-nés atteints d'un sepsis précoce (&lt;3 jours) représentaient 65% tandis que ceux atteints d'un sepsis tardif (&gt;3 jours) représentaient 35%. Trente et un (51,7%) nouveau-nés étaient positifs à la culture tandis que 29 (48,3%) étaient négatifs à la culture pour les pathogènes bactériens. Les bactéries Gram-positives prédominaient, constituant 80,6% tandis que les bactéries Gram-négatives constituaient 19,4%. Les bactéries à Gram positif les plus fréquentes étaient les<em> staphylocoques</em> à coagulase négative (51,6%, 16/31), <em>Staphylococcus haemolyticus</em> 5 (16,1%) prédominant, tandis que l'isolat de bactéries à Gram négatif le plus fréquent était <em>Escherichia coli</em> 2 (6,5%). Un degré élevé de résistance aux antibiotiques (&gt; 50% de taux) a été présenté par les isolats contre la plupart des antibiotiques testés, y compris les céphalosporines de troisième génération et les fluoroquinolones. La gentamicine était le seul antibiotique efficace, avec 65,5% de tous les isolats qui y étaient sensibles; 68,0% de Gram positifs et 50,0% de Gram négatifs. La vancomycine était également efficace contre les bactéries Gram-positives, 68,0% des isolats y étant sensibles. Un accouchement prématuré antérieur (64,5%, 20/31) et un accouchement à domicile étaient respectivement les seuls facteurs maternels et néonatals significativement associés à une septicémie néonatale à culture positive (OR=2,975, IC 95%=1,040-8,510). Il n'y avait pas de différence significative entre la septicémie néonatale positive et négative à la culture en ce qui concerne les manifestations cliniques telles que le refus de s'alimenter, la fièvre, la jaunisse, la respiration rapide, les convulsions et la température corporelle (<em>p</em>&gt;0,05).<br><strong>Conclusion:</strong> La septicémie néonatale est une cause importante de mortalité et de morbidité chez les nouveau-nés admis au FMC et TUYMCH, Katsina, Nigeria. Il est nécessaire de surveiller régulièrement les facteurs de risque, les organismes responsables et les schémas de sensibilité aux antibiotiques des agents pathogènes isolés, afin d'éclairer le choix d'un traitement antibiotique empirique en attendant les résultats des hémocultures.</p> H.K. Obaro B. Abdulkadir S. Abdullahi Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 378 388 10.4314/ajcem.v23i4.6 Widal antibody titre test versus blood culture; which is a better diagnostic for typhoid fever? https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234632 <p><strong>Background</strong>: The importance of accurate diagnosis of infectious diseases is central and crucial to the effectiveness of treatment and prevention of the associated long-term complications of such infections. The objective of this study was therefore to determine the accuracy of the Widal antibody titre test in the diagnosis of typhoid fever relative to the gold standard blood culture technique.<br><strong>Methodology:</strong> A total of 40 students attending the Olabisi Onabanjo University Health Services, Ago-Iwoye, Ogun State, Nigeria on account of suspected typhoid fever by positive Widal test (≥ 1/80) and not on antibiotic therapy, were recruited for the study. Stool and blood samples were collected from each participant and analysed at the medical laboratory of the health center using conventional culture techniques and confirmation of isolates by simplex and multiplex polymerase chain reaction (PCR) amplification assays of <em>hilA</em> (<em>Salmonella enterica</em>), ipaH (<em>Shigella</em> spp), rfc (<em>Shigella</em> <em>flexneri</em>) and wbgZ (<em>Shigella sonnei</em>) genes. Antibiotic susceptibility testing (AST) of isolated bacteria to 10 panel of antibiotics was done using the Kirby Bauer disk diffusion test and interpreted according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CSLI) guideline.<br><strong>Results:</strong> Of the 40 patients with suspected typhoid fever by the Widal test, 9 yielded<em> Salmonella enterica</em> giving a 22.5% isolation rate, with <em>Salmonella enterica</em> serovar Typhi (<em>Salmonella Typhi</em>) confirmed as sole bacterium from blood cultures in 5 (12.5%) patients and co-infection of <em>Salmonella</em> and <em>Shigella</em> from stool samples in 4 (10.0%) patients. A total of 52 enteric bacteria isolates were recovered from blood and stool samples of the 40 patients made of <em>Salmonella enterica</em> 9 (17.3%), <em>Shigella</em> spp 20 (38.5%), <em>S. flexneri</em> 9 (17.3%) and<em> S. sonnei</em> 14 (26.9%). All the enteric isolates were multi-drug resistant (MDR), with resistance rates to the antibiotic panel ranging from 33.3%-100%, and all the isolates were resistant to ceftriaxone and pefloxacin. <em>Salmonella</em> isolates were also 100% resistant to nitrofurantoin, ofloxacin and ciprofloxacin; S. flexneri were 100% resistant to nitrofurantoin, amoxicillin, cotrimoxazole, ofloxacin and ciprofloxacin; and S. sonnei were 100% resistant to nitrofurantoin and cotrimoxazole.<br><strong>Conclusion</strong>: These results showed that only 12.5% of typhoid fever diagnosis by Widal test had <em>Salmonella Typhi</em> isolated from their blood cultures while <em>Salmonella enterica</em> and <em>Shigella</em> spp were isolated from stool samples of other cases. There is need to adopt culture techniques for laboratory diagnosis of febrile illnesses in order to improve treatment regimen. The fact that AST can also be performed with culture technique could further guide antibiotic prescription and reduce the risk of emergence of resistant bacteria.</p> <p><strong>Contexte:</strong> L'importance d'un diagnostic précis des maladies infectieuses est centrale et cruciale pour l'efficacité du traitement et la prévention des complications à long terme associées à ces infections. L'objectif de cette étude était donc de déterminer la précision du test de titre d'anticorps de Widal dans le diagnostic de la fièvre typhoïde par rapport à la technique d'hémoculture de référence.<br><strong>Méthodologie</strong> : Un total de 40 étudiants fréquentant les services de santé de l'Université Olabisi Onabanjo, Ago-Iwoye, État d'Ogun, Nigéria en raison d'une fièvre typhoïde suspectée par un test Widal positif (≥ 1/80) et non sous antibiothérapie, ont été recrutés pour l'étude. Des échantillons de selles et de sang ont été prélevés sur chaque participant et analysés au laboratoire médical du centre de santé à l'aide de techniques de culture conventionnelles et de confirmation des isolats par des tests d'amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) simplex et multiplex de hilA (<em>Salmonella enterica</em>), ipaH (<em>Shigella</em> spp), les gènes rfc <em>(Shigella flexneri</em>) et wbgZ (<em>Shigella sonnei</em>). Les tests de sensibilité aux antibiotiques (AST) des bactéries isolées à 10 groupes d'antibiotiques ont été effectués à l'aide du test de diffusion sur disque de Kirby Bauer et interprétés conformément aux directives du Clinical and Laboratory Standards Institute (CSLI).<br><strong>Résultats</strong>: Sur les 40 patients suspects de fièvre typhoïde par le test de Widal, 9 ont révélé <em>Salmonella enterica </em>donnant un taux d'isolement de 22,5%, avec Salmonella enterica sérovar Typhi (<em>Salmonella Typhi</em>) confirmée comme bactérie unique à partir d'hémocultures chez 5 (12,5%) patients et co-infection de <em>Salmonella</em> et <em>Shigella</em> à partir d'échantillons de selles chez 4 (10,0%) patients. Un total de 52 isolats de bactéries entériques ont été<br>récupérés à partir d'échantillons de sang et de selles des 40 patients constitués de<em> Salmonella enterica</em> 9 (17,3%), <em>Shigella</em> spp 20 (38,5%), S. flexneri 9 (17,3%) et <em>S. sonnei</em> 14 (26,9%). Tous les isolats entériques étaient multirésistants (MDR), avec des taux de résistance au panel d'antibiotiques allant de 33,3% à 100%, et tous les isolats étaient résistants à la ceftriaxone et à la péfloxacine. Les isolats de <em>Salmonella</em> étaient également résistants à 100% à la nitrofurantoïne, à l'ofloxacine et à la ciprofloxacine;<em> S. flexneri</em> était résistant à 100% à la nitrofurantoïne, à l'amoxicilline, au cotrimoxazole, à l'ofloxacine et à la ciprofloxacine; et <em>S. sonnei</em> étaient 100% résistants à la nitrofurantoïne et au cotrimoxazole.<br><strong>Conclusion</strong>: Ces résultats ont montré que seuls 12,5% des diagnostics de fièvre typhoïde par le test de Widal avaient Salmonella Typhi isolée à partir de leurs hémocultures, tandis que <em>Salmonella enterica</em> et <em>Shigella</em> spp ont été isolées à partir d'échantillons de selles d'autres cas. Il est nécessaire d'adopter des techniques de culture pour le diagnostic en laboratoire des maladies fébriles afin d'améliorer le schéma thérapeutique. Le fait que l'AST puisse également être réalisée avec une technique de culture pourrait guider davantage la prescription d'antibiotiques et réduire le risque d'émergence de bactéries résistantes.</p> O.D. Popoola B.T. Thomas J.B. Folorunso H.T. Balogun-Abiola H.A. Adekola Q.O. Okulaja M.O. Coker Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 389 397 10.4314/ajcem.v23i4.7 Epidemiology of Dengue in patients with febrile syndrome at Saint Camille Hospital, Ouagadougou, Burkina Faso from 2020 to 2021 https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234633 <p><strong>Background</strong>: Dengue is still a public health problem in tropical countries. This disease, which had almost disappeared in some areas of the world, has become re-emergent in certain parts of the world including Africa. The aim of this study is to determine the seroprevalence and evolution of Dengue virus (DENV) infection from 2020 to 2021 at the Hospital Saint Camille de Ouagadougou (HOSCO), Burkina Faso.<br><strong>Methodology:</strong> This was a descriptive analytical study of patients seen in general practice with febrile syndrome referred for serological diagnosis of Dengue at the HOSCO laboratory over a period of 2 years (January 1, 2020 – December 31, 2021). The "Dengue Duo (AgNS1/IgM/IgG)" kit from SD Bioline was used for the rapid diagnosis through the detection of NS1 antigen and IgM/IgG antibodies in plasma. Data were analysed with SPSS version 20.0 software. Association between demographic data and prevalence of DENV infection was determined by Chi square test and odds ratio (with 95% confidence interval). P value less than 0.05 was considered statistical significance.<br><strong>Results:</strong> A total of 2957 patients aged 0-94 years were referred for serological diagnosis of DENV infection at the HOSCO laboratory over the period 2020-2021, comprising 56.3% females and 43.7% males. The overall prevalence of acute DENV infection (NS1Ag positive) was 5.4% (159/2957), with 2.4% (41/1700) in 2020 and 9.4% (118/1257) in 2021 (OR=4.192, 95% CI=2.915-6.028, p&lt;0.0001). The prevalence of acute DENV infection of 7.0% (91/1292) in the males was significantly higher than 4.1% (68/1665) in the females (OR=1.779, 95% CI=1.288-2.458, p=0.0005), and also significantly higher in age groups 20-29 years (7.6%), 10-19 years (6.9%) and 40-49 years (5.8%) than other age groups (X<sup>2</sup>=14.928, p=0.0107). The overall prevalence of DENV IgM and IgG antibodies was 3.2% and 37.3% respectively. The prevalence of DENV IgG antibodies was significantly higher in males (44.0%) than females (32.1%) (OR=1.667, 95%CI=1.434-1.938, p&lt;0.0001) and in age groups 30-39 (43.4%), 40-49 (44.0%) and &gt;50 years (49.3%) than other age groups (X<sup>2</sup>=121.0, p&lt;0.0001), indicating that past exposure to DENV infection is higher among males and older age groups. The peak of DENV infection was between October and November with 84.3% (134/159) of NS1Ag positivity occurring during this period.<br><strong>Conclusion:</strong> The present study reports a high prevalence of acute Dengue virus infection in patients from October to November. To eradicate Dengue which has become a tropical silent epidemic, interventions such as vector control, availability of and accessibility to diagnostic tests, and good therapeutic management are of great importance.</p> <p><strong>Contexte:</strong> La dengue reste un problème de santé publique dans les pays tropicaux. Cette maladie, qui avait quasiment disparu dans certaines régions du monde, est devenue ré-émergente dans certaines parties du monde dont l'Afrique. Le but de cette étude est de déterminer la séroprévalence et l'évolution de l'infection par le virus de la Dengue (DENV) de 2020 à 2021 à l'Hôpital Saint Camille de Ouagadougou (HOSCO), Burkina Faso.<br><strong>Méthodologie</strong>: Il s'agissait d'une étude analytique descriptive de patients vus en médecine générale avec syndrome fébrile adressés pour diagnostic sérologique de la Dengue au laboratoire HOSCO sur une période de 2 ans (1er Janvier 2020 – 31 Décembre 2021). Le kit "Dengue Duo (AgNS1/IgM/IgG)" de SD Bioline a été utilisé pour le diagnostic rapide grâce à la détection de l'antigène NS1 et des anticorps IgM/IgG dans le plasma. Les données ont été analysées avec le logiciel SPSS version 20.0. L'association entre les données démographiques et la prévalence de l'infection par le DENV a été déterminée par le test du chi carré et l'Odds ratio (avec un intervalle de confiance à 95%). Une valeur P inférieure à 0,05 a été considérée comme une signification statistique.<br><strong>Résultats:</strong> Au total, 2957 patients âgés de 0 à 94 ans ont été référés pour un diagnostic sérologique de l'infection par le DENV au laboratoire HOSCO sur la période 2020-2021, comprenant 56,3% de femmes et 43,7% d'hommes. La prévalence globale de l'infection aiguë par le DENV (NS1Ag positif) était de 5,4% (159/2957), avec 2,4% (41/1700) en 2020 et 9,4% (118/1257) en 2021 (OR=4,192, IC à 95%=2,915-6,028, <em>p</em>&lt;0,0001). La prévalence<br>de l'infection aiguë par le DENV de 7,0% (91/1292) chez les hommes était significativement supérieure à 4,1% (68/1665) chez les femmes (OR=1,779, IC à 95%=1,288-2,458, <em>p</em>=0,0005), et également significativement plus élevé dans les tranches d'âge 20-29 ans (7,6%), 10-19 ans (6,9%) et 40-49 ans (5,8%) que les autres tranches d'âge (X<sup>2</sup>=14,928, p=0,0107). La prévalence globale des anticorps IgM et IgG contre le DENV était de 3,2% et 37,3% respectivement. La prévalence des anticorps IgG DENV était significativement plus élevée chez les hommes (44,0%) que chez les femmes (32,1%) (OR=1,667, IC à 95%=1,434-1,938, p &lt;0,0001) et dans les tranches d'âge 30-39 (43,4%), 40-49 (44,0%) et &gt; 50 ans (49,3%) que les autres groupes d'âge (X<sup>2</sup>=121,0, <em>p</em>&lt;0,0001), ce qui indique que l'exposition antérieure à l'infection par le DENV est plus élevée chez les hommes et les groupes d'âge plus âgés. Le pic d'infection au DENV a eu lieu entre octobre et novembre avec 84,3% (134/159) de positivité NS1Ag survenant au cours de cette période.<br><strong>Conclusion:</strong> La présente étude rapporte une prévalence élevée d'infection aiguë par le virus de la dengue chez les patients d'octobre à novembre. Pour éradiquer la Dengue qui est devenue une épidémie tropicale silencieuse, des interventions telles que la lutte antivectorielle, la disponibilité et l'accessibilité des tests de diagnostic, et une bonne prise en charge thérapeutique sont d'une grande importance.</p> S.O.T. Bello A. Houkpevi S. Zackari A.S.A. Tapsoba A.A. Zoure P.D. Ilboudo A.K. Ouattara L. Traore M. Belemgnegre T.M. Zohoncon Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 398 406 10.4314/ajcem.v23i4.8 Mobile phones of hospital workers: a potential reservoir for the transmission of pathogenic bacteria https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234634 <p><strong>Background</strong>: Mobile phones are increasingly associated with the transmission of pathogenic microbial agents. In the clinical setting where there is usually high exposure to pathogens, these devices may serve as vehicles for the transmission/spread of pathogens. This study determined the prevalence of bacterial contamination of mobile phones of health workers and the predisposing factors, in order to ascertain the risk of transmission of pathogenic bacteria through mobile phones.<br><strong>Methodology:</strong> This study was carried out in a private medical center at Mbouda, Cameroon, involving 78 health workers including health professionals (nurses, physicians, laboratory scientists) and hospital support workers (cleaners, cashiers and security guards), recruited by convenient sampling. Sterile swab sticks moistened with physiological saline were used to swab about three quarter of the surface of each phone. The swabs were cultured on MacConkey and Mannitol Salt agar plates which were incubated aerobically at 37oC for 24 hours, while Chocolate agar plate was incubated in a candle extinction jar for microaerophilic condition. The isolates were identified using standard biochemical tests including catalase, coagulase, and the analytical profile index (API) system. Data were analyzed using the Statistical Package for Social Sciences (SPSS) version 20.0.<br><strong>Results:</strong> Mobile phones of 75 of the 78 (96.2%) health workers were contaminated, with highest contamination rates for the phones of laboratory scientists (100%, 12/12), followed by support staff (98.9%, 13/14), nurses (97.7%, 43/44) and physicians (87.3%, 7/8), but the difference in contamination rates was not statistically significant (p=0.349). A total of 112 bacteria belonging to 12 genera were isolated, with predominance of <em>Staphylococcus aureus</em> (31.3%, n=35), <em>Micrococcus</em> spp (30.4%<em>, n</em>=34), coagulase negative <em>staphylococci </em>(10.7%, <em>n</em>=12) and <em>Pseudomonas</em> spp (5.4%, <em>n</em>=6). The laboratory (18.8%, 21/112) and medical wards (16.1%, 18/112) had the highest bacterial contamination of mobile phones (<em>p</em>=0.041), and more bacterial species were isolated from smartphones (68.8%, <em>n</em>=77/112) than keypad phones (31.2%, <em>n</em>=35/112) (<em>p</em>=0.032). There was no significant difference between phone contamination rates and the practice of hand hygiene or decontamination of work surfaces (<em>p</em>&gt;0.05).<br><strong>Conclusion:</strong> The presence of potentially pathogenic bacteria on cell phones of health-care workers emphasizes the role of fomites in the transmission of infectious diseases. Consequently, good hand hygiene and decontamination practices are encouraged among health workers in order to limit the spread of hospital-acquired infections.</p> <p><strong>Contexte:</strong> Les téléphones portables sont de plus en plus associés à la transmission d'agents microbiens pathogènes. Dans le cadre clinique où il y a généralement une forte exposition aux agents pathogènes, ces dispositifs peuvent servir de véhicules pour la propagation de la transmission des agents pathogènes. Cette étude a déterminé la prévalence de la contamination bactérienne des téléphones portables des agents de santé et les facteurs prédisposants, afin de déterminer le risque de transmission de bactéries pathogènes par les téléphones portables.<br><strong>Méthodologie</strong>: Cette étude a été réalisée dans un centre médical privé à Mbouda, au Cameroun, impliquant 78 agents de santé, y compris des professionnels de la santé (infirmiers, médecins, scientifiques de laboratoire) et des agents de soutien hospitalier (agents de nettoyage, caissiers et agents de sécurité), recrutés par échantillonnage pratique. Des écouvillons stériles humidifiés avec du sérum physiologique ont été utilisés pour<br>écouvillonner environ les trois quarts de la surface de chaque téléphone. Les écouvillons ont été cultivés sur des plaques de gélose MacConkey et Mannitol Salt qui ont été incubées en aérobiose à 37°C pendant 24 heures, tandis que la plaque de gélose au chocolat a été incubée dans un pot d'extinction de bougie pour une condition microaérophile. Les isolats ont été identifiés à l'aide de tests biochimiques standard, notamment la catalase, la coagulase et le système d'indice de profil analytique (API). Les données ont été analysées à l'aide du package statistique pour les sciences sociales (SPSS) version 20.0.<br><strong>Résultats:</strong> Les téléphones portables de 75 des 78 agents de santé (96,2 %) étaient contaminés, avec les taux de contamination les plus élevés pour les téléphones des scientifiques de laboratoire (100%, 12/12), suivis par le personnel de soutien (98,9%, 13/14), infirmières (97,7%, 43/44) et médecins (87,3%, 7/8), mais la différence de taux de contamination n'était pas statistiquement significative (p=0,349). Au total, 112 bactéries appartenant à 12 genres ont été isolées, avec une prédominance de <em>Staphylococcus aureus</em> (31,3%, <em>n</em>=35), <em>Micrococcus</em> spp (30,4%, <em>n</em>=34), <em>staphylocoques</em> à coagulase négative (10,7%, <em>n</em>=12) et <em>Pseudomonas</em> spp (5,4%, <em>n</em>=6). Le laboratoire (18,8%, 21/112) et les services médicaux (16,1%, 18/112) avaient la contamination bactérienne la plus élevée des téléphones portables (<em>p</em>=0,041), et plus d'espèces bactériennes ont été isolées des smartphones (68,8%, <em>n</em>=77/112) que les téléphones à clavier (31,2%, n=35/112) (p=0,032). Il n'y avait pas de différence significative entre les taux de contamination du téléphone et la pratique de l'hygiène des mains ou de la décontamination des surfaces de travail (<em>p</em>&gt;0,05).<br><strong>Conclusion</strong>: La présence de bactéries potentiellement pathogènes sur les téléphones portables des travailleurs de la santé souligne le rôle des fomites dans la transmission des maladies infectieuses. Par conséquent, de bonnes pratiques d'hygiène des mains et de décontamination sont encouragées chez les agents de santé afin de limiter la propagation des infections nosocomiales.</p> M.E.A. Bissong M. Moukou Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 407 415 10.4314/ajcem.v23i4.9 Serological study of leptospirosis in cats from Algeria https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234637 <p><strong>Background</strong>: By the nature of their environment and behavior, stray cats are at risk of exposure to leptospirosis. Leptospirosis is an emerging zoonotic disease with worldwide distribution. The prevalence of leptospirosis in the feline species in Algeria is unknown. The main objectives of this study are to determine the seroprevalence and identify the most common<em> Leptospira </em>serovars in stray cats in the Algiers region.<br><strong>Methodology:</strong> Serum samples from 144 randomly selected healthy stray cats from 57 municipalities of the Algiers region were analyzed by the microscopic agglutination test (MAT). The MAT was performed to determine the antibody titers against nine<em> Leptospira</em> serovars (Canicola, Copenhageni, Icterohaemorrhagiae, Autumnalis, Grippotyphosa, Bratislava, Pomona, Pyrogenes, Patoc). The age of each cat was estimated based on dentition and physical appearance, and information on cat sex, breed and clinical status were collected. Data were analysed using the Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) version 17.0<br><strong>Results:</strong><em> Leptospira</em> antibodies were detected in 8 of 144 healthy stray cats, giving a seroprevalence rate of 5.6% [95% confidence interval (CI)=1.814-9.297]. The antibody titers ranged from 1:100 to 1:3200. Serovars Pyrogenes (1:100) and Patoc (1:100) were the most prevalent serovars detected in 2.8% (4/144) of the cats, followed by serovars Icterohaemorrhagiae (1:100) and Bratislava (1:100) detected in 2.1% (3/144) of the cats. The seroprevalence of 7.8% (7/90) in the male cats was higher than 1.9% (1/54) in the female cats but this did not reach a significant difference (OR=4.47, 95% CI=0.5344-37.387, p=0.2586). All the positive cats were over one year of age.<br><strong>Conclusion:</strong> This study showed that stray cats in Algiers are exposed to leptospirosis. In addition, the serovars detected are very common serovars in dogs and humans. The control of leptospirosis is largely dependent on general hygiene measures and the control of animal reservoirs. Additional investigations are necessary to clarify the epidemiology of the disease in the different regions of Algeria.</p> <p><strong>Contexte</strong>: De par la nature de leur environnement et de leur comportement, les chats errants sont à un risque d'exposition à la leptospirose. La <em>leptospirose</em> est une maladie zoonotique émergente de distribution mondiale. La prévalence de la leptospirose chez l’espèce féline en Algérie est inconnue. Les principaux objectifs de cette étude sont de déterminer la séroprévalence et d'identifier les sérovars de Leptospira les plus fréquents chez les<br>chats errants de la région d'Alger.<br><strong>Méthodologie</strong>: Des échantillons de sérum de 144 chats errants sanitaires sélectionnés au hasard dans 57 communes de la région d'Alger ont été analysés par le test d'agglutination microscopique (MAT). Le MAT a été réalisé pour déterminer les titres d'anticorps contre neuf sérotypes de Leptospira (Canicola, Copenhageni, Icterohaemorrhagiae, Autumnalis, Grippotyphosa, Bratislava, Pomona, Pyrogenes, Patoc). L'âge de chaque chat a été estimé sur la base de la dentition et de l'apparence physique, et des informations sur le sexe, la race et l'état clinique du chat ont été collectées. Les données ont été analysées à l'aide du package statistique pour les sciences sociales (SPSS) version 17.0<br><strong>Résultats</strong>: Des anticorps contre<em> Leptospira</em> ont été détectés chez 8 des 144 chats errants sanitaires, donnant un taux de séroprévalence de 5,6% [intervalle de confiance (IC) à 95%=1,814-9,297]. Les titres d'anticorps variaient de 1:100 à 1:3200. Les sérovars Pyrogenes (1:100) et Patoc (1:100) étaient les sérovars les plus prévalents détectés chez 2,8 % (4/144) des chats, suivis des sérovars Icterohaemorrhagiae (1:100) et Bratislava (1:100) détectés chez 2,1% (3/144) des chats. La séroprévalence de 7,8 % (7/90) chez les chats mâles était supérieure à 1,9 % (1/54) chez les chattes, mais cela n'a pas atteint une différence significative (OR=4,47, IC 95%=0,5344-37,387, p=0,2586). Tous les chats positifs avaient plus d'un an.<br><strong>Conclusion</strong>: Cette étude a montré que les chats errants d'Alger sont exposés à la <em>leptospirose</em>. De plus, les sérovars détectés sont des sérovars très répandus chez le chien ou chez l'homme. Le contrôle de la leptospirose est largement tributaire des mesures d'hygiène générales et de la lutte contre les réservoirs animaux. Des investigations complémentaires sont nécessaires pour préciser l'épidémiologie de la maladie dans les différentesrégions de l'Algérie.</p> S. Zaidi A. Amara Korba A. Bessas A. Bouzenad N.K. Hamnoune Dj. Hezil I. Bitam Copyright (c) 2022-10-25 2022-10-25 23 4 416 425 10.4314/ajcem.v23i4.10 Emergence of nosocomial-acquired extensively drug-resistant and pandrug-resistant Enterobacterales in a teaching hospital in Kuwait https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234639 <p><strong>Background:</strong> The emergence and high ascendancy of infections caused by extensively-drug-resistant (XDR) and pandrug-resistant (PDR) Enterobacterales isolates is a serious clinical and public health challenge. Isolation of PDR Gram-negative bacteria (GNB) in clinical setting is very rare and rarer is the infection caused by XDR GNB. Apart from restricted therapeutic options, these infections are associated with increased mortality and morbidity. Urgent studies to re-evaluate existing therapeutic options and research into new antibiotic molecules are desperately needed. The objectives of this study are to report the emergence of rarely encountered multidrug-resistant (MDR), difficult-to-threat, CRE infections in our hospital and investigate their molecular epidemiology.<br><strong>Methodolog</strong>y: This was a retrospective observational analysis of six patients with severe infections caused by XDR and PDR Enterobacterales isolates at Mubarak AL Kabeer Teaching Hospital, Jabriya, Kuwait, over a period of one and half years. The mechanisms of resistance in these isolates were then prospectively investigated by molecular characterization and genomic studies.<br><strong>Results</strong>: The majority of infections were caused by <em>Klebsiella pneumoniae</em> (83.3%, 5/6) and one (16.6%) was caused by<em> Escherichia</em> coli. Three patients had bloodstream infection (BSI), one had both BSI and urinary tract infection (UTI), one had respiratory tract infection, and the last one had UTI. Two patients were infected with OXA-48 producers, one patient was infected with NDM-1 producer, one patient was infected with NDM-5 producer, one patient was infected with both NDM-1 and OXA-48 producer and the last patient was infected with both NDM-5 and OXA-181 producer. For definite treatment, all patients received combination therapy. The mortality rate was high (50.0%).<br><strong>Conclusion:</strong> The high mortality rate associated with XDR and PDR Enterobacterales infections and the limited antimicrobial options for treatment highlight the need for improved detection of these infections, identification of effective preventive measures, and development of novel agents with reliable clinical efficacy against them.</p> <p><strong>Contexte:</strong> L'émergence et la montée en puissance des infections causées par des isolats d'entérobactéries ultrarésistantes (XDR) et pandrug-résistantes (PDR) constituent un sérieux défi clinique et de santé publique. L'isolement de bactéries Gram-négatives PDR (GNB) en milieu clinique est très rare et plus rare est l'infection causée par XDR GNB. En dehors des options thérapeutiques restreintes, ces infections sont associées à une augmentation de la mortalité et de la morbidité. Des études urgentes pour réévaluer les options thérapeutiques existantes et la recherche de nouvelles molécules antibiotiques sont désespérément nécessaires. Les objectifs de cette étude étaient de signaler l'émergence d'infections à CRE multirésistantes (MDR), difficiles à menacer, rarement rencontrées dans notre hôpital et d'enquêter sur leur épidémiologie moléculaire.<br><strong>Méthodologie:</strong> Il s'agissait d'une analyse observationnelle rétrospective de six patients atteints d'infections graves causées par des isolats d'entérobactéries XDR et PDR à l'hôpital universitaire Mubarak AL Kabeer, Jabriya, Koweït, sur une période d'un an et demi. Les mécanismes de résistance de ces isolats ont ensuite été étudiés de manière prospective par caractérisation moléculaire et études génomiques.<br><strong>Résultats</strong>: La majorité des infections ont été causées par <em>Klebsiella pneumoniae</em> (83,3%, 5/6) et une (16,6%) a été causée pa<em>r Escherichia coli.</em> Trois patients avaient une infection du sang (BSI), un avait à la fois une BSI et une infection des voies urinaires (UTI), un avait une infection des voies respiratoires et le dernier avait une UTI. Deux patients ont été infectés par des producteurs d'OXA-48, un patient a été infecté par un producteur de NDM-1, un patient a été infecté par un producteur de NDM-5, un patient a été infecté par un producteur de NDM-1 et d'OXA-48 et le dernier patient a été infecté avec le producteur NDM-5 et OXA-181. Pour un traitement définitif, tous les patients ont reçu une thérapie combinée. Le taux de mortalité était élevé (50.0%).<br><strong>Conclusion:</strong> Le taux de mortalité élevé associé aux infections XDR et PDR Enterobacterales et les options antimicrobiennes limitées pour le traitement soulignent la nécessité d'améliorer la détection de ces infections, l'identification de mesures préventives efficaces et le développement de nouveaux agents avec une efficacité clinique fiable contre elles.</p> A. Chadha W. Jamal V.O. Rotimi Copyright (c) 2022-10-24 2022-10-24 23 4 426 436 10.4314/ajcem.v23i4.11 Prevalence and distribution of cervical high-risk human papillomavirus infection in a rural community of Edo State, Nigeria https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234657 <p>Background: Human papillomaviruses (HPVs) are non-enveloped, double-stranded DNA viruses and most women in the world are probably infected with at least one type of the virus during their sexual life. Oncogenic HPVs are predominantly sexually-transmitted pathogens and several high-risk types are associated with nearly all cases of cervical cancer worldwide. In view of paucity of data on the prevalence and distribution of various high risk HPV subtypes, this study was carried out to provide evidence based local data for cervical cancer preventive programs within this region.<br><strong>Methodology</strong>: This was a descriptive cross-sectional study involving 145 consenting women living in Ugbegun rural community of Edo central senatorial district, Edo State, Nigeria. Informed consent of each participant was obtained and socio-demographic information collected through interviewer-administered collection tool. Cervical swab sample was collected using the female cervical cell collection kit for HPV DNA testing. HPV DNA was detected by the Hybribio 21 HPV Geno array test kit which uses polymerase chain reaction (PCR) amplification and flow through hybridization assay. Summary statistics were presented as mean, standard deviation, median, frequency and proportions as appropriate using the Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) version 22.0. Association of sociodemographic characteristics of the women with HPV prevalence was done using the ‘t’ test, with p value less than 0.5 considered statistical significance.<br><strong>Results:</strong> Twenty four of the 145 women tested positive, giving HPV prevalence of 16.6%. Six HPV serotypes were detected; types 16, 18, 35, 45, 52 and 58. HPV types 16 and 18 were most frequent, contributing 54.2%, and coinfection occurred in 29.2%. HPV-positive women had significantly higher mean number of life time sexual partners (<em>p</em>=0.046) and mean parity (<em>p</em>=0.0001) compared to HPV-negative women. The mean age of the women (<em>p</em>=0.710), mean age at menarche (<em>p</em>=0.570) and mean age at coitarche (<em>p</em>=0.940) were not significantly associated with prevalence of HPV<br><strong>Conclusion: </strong>CThis study showed predominance of oncogenic cervical HPV types 16 and 18 within this sub region of rural Nigeria. Strengthening reproductive and sexual education in both males and females with focus on HPV vaccination, delaying sexual activities and reduction in number of child birth are strategies which could prevent high risk HPV infection and cervical cancer in rural communities.</p> <p><strong>Contexte:</strong> Les papillomavirus humains (VPH) sont des virus à ADN double brin sans enveloppe et la plupart des femmes dans le monde sont probablement infectées par au moins un type de virus au cours de leur vie sexuelle. Les VPH oncogènes sont principalement des agents pathogènes sexuellement transmissibles et plusieurs types à haut risque sont associés à presque tous les cas de cancer du col de l'utérus dans le monde. Compte tenu du manque de données sur la prévalence et la distribution de divers sous-types de VPH à haut risque, cette étude a été réalisée pour<br>fournir des données locales fondées sur des preuves pour les programmes de prévention du cancer du col de l'utérus dans cette région.<br><strong>Méthodologie</strong>: Il s'agissait d'une étude transversale descriptive impliquant 145 femmes consentantes vivant dans la communauté rurale d'Ugbegun du district sénatorial central d'Edo, dans l'État d'Edo, au Nigeria. Le consentement éclairé de chaque participant a été obtenu et les informations socio-démographiques ont été collectées via un outil de collecte administré par l'intervieweur. Un échantillon d'écouvillon cervical a été prélevé à l'aide du kit de collecte de cellules cervicales féminines pour le test ADN du VPH. L'ADN du VPH a été détecté par le kit de test Hybribio 21 HPV Geno array qui utilise une amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) et un test d'hybridation en flux continu. Les statistiques sommaires ont été présentées sous forme de moyenne, d'écart-type, de médiane, de fréquence et de proportions, selon le cas, à l'aide de la version 22.0 du package statistique pour les sciences sociales (SPSS). L'association des caractéristiques sociodémographiques des femmes avec la prévalence du VPH a été réalisée à l'aide du test «t», avec une valeur de p inférieure à 0,5 considérée comme une signification statistique.<br><strong>Résultats:</strong> Vingt-quatre des 145 femmes ont été testées positives, ce qui donne une prévalence du VPH de 16,6 %. Six sérotypes de VPH ont été détectés ; types 16, 18, 35, 45, 52 et 58. Les types de VPH 16 et 18 étaient les plus fréquents, contribuant à 54,2%, et une co-infection s'est produite dans 29,2%. Les femmes séropositives pour le VPH avaient un nombre moyen de partenaires sexuels (<em>p</em>=0,046) et une parité moyenne (<em>p</em>=0,0001) significativement plus élevés que les femmes séronégatives pour le VPH. L'âge moyen des femmes (p=0,710), l'âge moyen à la ménarche (p=0,570) et l'âge moyen à la coïtarche (<em>p</em>=0,940) n'étaient pas significativement associés à la prévalence du VPH</p> <p><strong>Conclusion:</strong> Cette étude a montré la prédominance des types de VPH cervicaux oncogènes 16 et 18 dans cette sousrégion du Nigéria rural. Le renforcement de l'éducation reproductive et sexuelle chez les hommes et les femmes en mettant l'accent sur la vaccination contre le VPH, le report des activités sexuelles et la réduction du nombre de naissances sont des stratégies qui pourraient prévenir les infections à VPH à haut risque et le cancer du col de l'utérus dans les communautés rurales.</p> J. Okoeguale S.O. Samuel S.C. Amadi A. Njoku G.B.O. Okome Copyright (c) 2022-10-25 2022-10-25 23 4 437 441 10.4314/ajcem.v23i4.12 Cerebrospinal fluid xanthochromia in acute bacterial meningitis as a red herring for subarachnoid haemorrhage: A case report https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234658 <p>This article presents a case that highlights the importance of excluding underlying intracranial pathology in a patient presenting with severe headache and positive xanthochromia. This case report demonstrated that false-positive xanthochromia without subarachnoid haemorrhage (SAH) is possible in acute bacterial meningitis when there is a combination of traumatic lumbar puncture and either hyperbilirubinaemia or raised cerebrospinal fluids (CSF) protein.</p> <p>Cet article présente un cas qui met en évidence l'importance d'exclure une pathologie intracrânienne sous-jacente chez un patient présentant une céphalée sévère et une xanthochromie positive. Ce rapport de cas a démontré qu'une xanthochromie faussement positive sans hémorragie sous-arachnoïdienne (HSA) est possible dans la méningite bactérienne aiguë lorsqu'il existe une combinaison de ponction lombaire traumatique et d'hyperbilirubinémie ou d'augmentation de la protéine du liquide céphalo-rachidien (LCR).</p> M.A. Adesokan A.R. Akbari Copyright (c) 2022-10-25 2022-10-25 23 4 442 445 10.4314/ajcem.v23i4.13 Harness innovation to reduce the malaria disease burden and save lives https://www.ajol.info/index.php/ajcem/article/view/234661 <p>No abstract</p> T.O. Musa-Booth B. Adegboro M. Babazhitsu N. Medugu S.A. Abayomi O. Sanni O. Ashiru Copyright (c) 2022-10-25 2022-10-25 23 4 446 449 10.4314/ajcem.v23i4.14