African Journal of Clinical and Experimental Microbiology <p><em>African Journal of Clinical and Experimental Microbiology</em> is the official Journal of the African Society for Clinical Microbiology. It publishes original research, review papers, case reports/series, short communications and letters to the editors, in all aspects of Medical Microbiology including Bacteriology, Virology, Rickettsiology and Chlamydiology, Mycology, Mycobacteriology and Actinomycetes, Parasitology, Molecular Genetics in relation to microorganisms and humans, Clinical Microbiology, Clinical Veterinary Microbiology, and Public Health Microbiology.</p><p>Other websites associated with this journal: <a href=""></a></p> AJCEM Life line Publishers en-US African Journal of Clinical and Experimental Microbiology 1595-689X Copyright for articles published in this journal is retained by the journal. Emerging infectious disease preparedness and response in healthcare: perspectives from COVID-19 and the role of College-Learnt Microbiology <p>Coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic began in December 2019 in Wuhan City China where it is believed to have been transmitted to humans from an unknown animal species. The public health, social and economic impact of the pandemic world over is detrimental. Health care providers at the frontline in the fight against COVID-19 are at the greatest risk of infection and so far, many have been infected and some have already died from the disease. Thus, it is imperative that healthcare providers have adequate knowledge of infectious diseases and microbial pathogens to comprehend the scale of risk for better recognition and response. Microbiological concepts of infection prevention and control, hand hygiene and aseptic techniques are essential in slowing down the spread of the virus. COVID-19 has proven that infectious agents can emerge from any region in the world and can spread rapidly with ominous consequences to all humanity. This narrative review discusses the role of college-learnt microbiology in health care provider preparedness for emerging infectious diseases in light of the current pandemic.</p> <p><strong>Keywords</strong>: Emerging; Infections; Preparedness; Response; Microbiology; COVID-19; Training</p> J. Tonui W. Chepkutto J. Rotich Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 312 321 10.4314/ajcem.v22i3.1 A review of the anti-viral effects of ivermectin <p>Ivermectin is an avermectin which is a group of pentacyclic sixteen-membered lactone (macrocyclic lactone disaccharide) derived from the soil bacterium Streptomyces avermitilis. It is a semi-synthetic broad-spectrum anti-helminthic, anti-viral and anti-cancer agent. It has a wide safety margin with low adverse effects when it is used orally. It has, however, so far only been approved by the Food and Drug Administration (FDA) as a broad spectrum anti-parasitic agent. Because ivermectin also has broad activities as an anti-viral agent, we herein review its pharmacokinetic and pharmacodynamic activities, as well as the in vitro and in vivo studies conducted on the drug. It is hoped that this work will pave way for ivermectin being seriously considered as an addition to the drugs available for the management of patients with COVID-19.</p> <p><strong>Keywords</strong>: ivermectin; pharmacokinetics; pharmacodynamics; broad-spectrum anti-viral; COVID-19</p> B. Adegboro O.A. Lawani S.E. Oriaifo S.A. Abayomi Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 322 329 10.4314/ajcem.v22i3.2 Clinical symptoms and outcomes among hospitalized COVID-19 patients in Ondo State, Southwestern Nigeria <p><strong>Background:</strong> The severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) is a novel strain of coronavirus, which is the cause of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic, ravaging many countries of the world. The objective of this study is to assess the symptomatology and case management outcome of hospitalized COVID-19 patients in Ondo State, Southwestern Nigeria.<br><strong>Methodology:</strong> This was a longitudinal study carried out on randomly selected patients with COVID-19, confirmed by real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (rRT-PCR), admitted to the Infectious Disease Hospital, Akure, from March to July 2020. Clinical and outcome data obtained from the patients were analysed using the Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) version 24.0 software, and variables were compared using the Chi square (χ²) test and Odds ratio (OR).<br><strong>Results:</strong> A total of 215 hospitalized COVID-19 patients were randomly recruited, with 103 males and 112 females (M:F ratio of 1:1.1), and mean age of 37.24 ± 16.83 years. The most common symptoms were shortness of breath (22.8%), cough (18.6%), fatigue (17.2%), runny nose (16.7%), fever (16.3%), and sneezing (14.0%). Mortality rate among the patients was 4.7% (10/215). Statistical analysis showed that fever [χ² = 8.75, OR 2.17 (95% CI: 0.29-16.63), p=0.003] and sneezing [χ²=11.35, OR 2.75 (95% CI: 0.34-18.27), p=0.001] were clinical presentations with significant impact on the final outcome of the patients.<br><strong>Conclusion:</strong> This study showed that the most common symptoms in hospitalized COVID-19 patients were shortness of breath, cough, running nose, fever and sneezing, which underscores the importance of monitoring of patients for these symptoms.</p> <p><strong>Keywords</strong>: COVID-19; symptoms; management; hospitalized; outcome; Nigeria</p> <p>&nbsp;</p> <p><em><strong>French Title: Symptômes cliniques et résultats chez les patients hospitalisés COVID-19 dans l'État d'Ondo, dans le sud-ouest du Nigéria</strong></em></p> <p><strong>Contexte</strong>: Le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est une nouvelle souche de coronavirus, qui est à l'origine de la pandémie actuelle de coronavirus 2019 (COVID-19), ravageant de nombreux pays du monde. L'objectif de cette étude est d'évaluer les résultats de la symptomatologie et de la prise en charge des cas de patients hospitalisés COVID-19 dans l'État d'Ondo, dans le sud-ouest du Nigéria.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Il s'agissait d'une étude longitudinale réalisée sur des patients sélectionnés au hasard atteints de COVID-19, confirmée par réaction en chaîne par transcriptase-polymérase inverse en temps réel (rRT-PCR), admis à l'hôpital des maladies infectieuses d'Akure de mars à juillet 2020. Les données cliniques et les résultats obtenus des patients ont été analysés à l'aide du logiciel Statistical Package for the Social Sciences (SPSS) version 24.0, et les variables ont été comparées à l'aide du test du Chi carré (χ²) et du rapport de cotes (OR).</p> <p><strong>Résultats:</strong> Un total de 215 patients hospitalisés COVID-19 ont été recrutés au hasard, avec 103 hommes et 112 femmes (rapport H: F de 1: 1,1), et un âge moyen de 37,24±16,83 ans. Les symptômes les plus courants étaient l'essoufflement (22,8%), la toux (18,6%), la fatigue (17,2%), l'écoulement nasal (16,7%), la fièvre (16,3%) et les éternuements (14,0%). Le taux de mortalité parmi les patients était de 4,7% (10/215). L'analyse statistique a montré que la fièvre [χ²=8,75, OR 2,17 (IC à 95%: 0,29 à 16,63), p=0,003] et les éternuements [χ²=11,35, OR 2,75 (IC à 95%: 0,34 à 18,27), p=0,001] étaient présentations cliniques avec un impact significatif sur le résultat final des patients.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Cette étude a montré que les symptômes les plus courants chez les patients hospitalisés sous COVID-19 étaient l'essoufflement, la toux, le nez qui coule, la fièvre et les éternuements, ce qui souligne l'importance de la surveillance des patients pour ces symptômes.</p> <p><br><strong>Mots clés:</strong> COVID-19; symptômes; la gestion; hospitalisé; résultat; Nigeria<em><strong><br></strong></em></p> S.O. Usman I.I. Busari S. Fagbemi M.M. Adeniyi P. Irabor I.N. Usman N.O. Akintayo-Usman Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 330 335 10.4314/ajcem.v22i3.3 Outbreak of Measles in vaccinated population in Southeastern Nigeria <p><strong>Background:</strong> Outbreaks of respiratory disease, febrile illness and rash occurred in two adjoining rural communities of Imo State, Southeastern, Nigeria, at different times between 2006 and 2020. Laboratory investigation was carried out to determine the aetiological agent of the outbreak.</p> <p><strong>Methodology:</strong> Oropharyngeal swabs were collected from 6 individuals showing symptoms of disease, within 3-4 days of appearance of rash. Venous blood samples were also collected from a total of 41 symptomatic persons, their contacts and individuals with resolved infections. Swabs were inoculated into Vero, HEp-2c, B95a and MDCK cell lines. Sera were analyzed using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) for immunoglobulin G and M to rubella and measles viruses, while immunofluorescence assay was used to detect Lassa fever virus immunoglobulins. Descriptive data were analyzed using the Statistical Package for the Social Sciences (SPSS).</p> <p><strong>Results:</strong> Four of the 6 (66.7%) swab samples showed viral activity or cytopathic effect characterized by clumping of cells in Vero cells while 2 (33.3%) in Hep-2c characterized by rounding up of cells. Thirty-nine (95.1%) sera were positive for measles IgG while 13 (31.7%) were positive for IgM. Thirty-six (87.8%) sera were positive for rubella IgG but none was positive for IgM. None of the sera was positive for Lassa fever virus IgG and IgM.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Measles virus was responsible for the outbreak among previously vaccinated population in the communities, while Rubella and Lassa fever viruses were excluded as the etiological agents of the outbreak.</p> <p><strong>Keywords</strong>: Epidemics; IgG and IgM; Cell lines; Vaccination; Measles virus</p> <p>&nbsp;</p> <p><strong><em>French title:</em> Épidémie de rougeole dans la population vaccinée du sud-est du Nigéria</strong></p> <p><strong>Contexte:</strong> Des flambées de maladies respiratoires, de maladies fébriles et d'éruptions cutanées sont survenues dans deux communautés rurales voisines de l'État d'Imo, dans le sud-est du Nigéria, à des moments différents entre 2006 et 2020. Une enquête en laboratoire a été menée pour déterminer l'agent étiologique de l'épidémie.</p> <p><strong>Méthodologie:</strong> Des écouvillons oropharyngés ont été prélevés sur 6 individus présentant des symptômes de maladie, dans les 3 à 4 jours suivant l'apparition de l'éruption cutanée. Des échantillons de sang veineux ont également été prélevés sur un total de 41 personnes symptomatiques, leurs contacts et des personnes souffrant d'infections résolues. Des écouvillons ont été inoculés dans des lignées cellulaires Vero, HEp-2c, B95a et MDCK. Les sérums ont été analysés en utilisant un test immuno-enzymatique (ELISA) pour les immunoglobulines G et M contre les virus de la rubéole et de la rougeole, tandis que le test d'immunofluorescence a été utilisé pour détecter les immunoglobulines du virus de la fièvre de Lassa. Les données descriptives ont été analysées à l'aide du progiciel statistique pour les sciences sociales (SPSS).</p> <p><strong>Résultats:</strong> Quatre des 6 échantillons sur écouvillon (66,7%) ont montré une activité virale ou un effet cytopathique caractérisé par l'agglutination des cellules dans les cellules Vero, tandis que 2 (33,3%) dans Hep-2c étaient caractérisés par un arrondissement des cellules. Trente-neuf (95,1%) sérums étaient positifs pour les IgG contre la rougeole tandis que 13 (31,7%) étaient positifs pour les IgM. Trente-six (87,8%) sérums étaient positifs pour les IgG contre la rubéole, mais aucun n'était positif pour les IgM. Aucun des sérums n'était positif pour les IgG et IgM du virus de la fièvre de Lassa.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Le virus de la rougeole était responsable de l'épidémie parmi la population précédemment vaccinée dans les communautés, tandis que les virus de la rubéole et de la fièvre de Lassa ont été exclus comme agents étiologiques de l'épidémie.</p> <p><strong>Mots clés:</strong> épidémies; IgG et IgM; Lignées cellulaires; Vaccination; Virus de la rougeole</p> J.A. Shenge G.N. Odaibo D.O. Olaleye Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 336 343 10.4314/ajcem.v22i3.4 Persistence of cervical human papillomavirus infection among cohort of women in Awka, Nigeria <p>Background: Many women are known to contract human papilloma virus (HPV) infection in their lifetime but only a few develop cervical cancer. One of the major factors that contribute to development of cervical cancer is HPV persistence. Several other factors including viral load have been implicated in cervical cancer development. This work therefore intends to investigate the persistence of cervical HPV infection among cohort of women in Awka, Nigeria.<br>Methodology: A cohort of 58 women with normal Papanicolaou (Pap) test but positive HPV DNA selected from a population of 410 women at baseline were followed up over a period of 6 months from April to October 2015. Cervical specimens collected were subjected to HPV DNA test and viral quantification using TaqMan Real Time PCR and cervical cytology. Risk factors were obtained using semi structured interviewer administered questionnaires. Variables were analysed using descriptive statistics and T-test on IBM SPSS statistics version 21.0 and EPI INFOTM 7.0<br>Results: At the 6-month follow up, cervical HPV infection persisted in 29 women, representing 50% of the women followed up. Among the 29 women, 7 (24.1%) developed abnormal Pap smear (Low grade Squamous Intraepithelial Lesion). Factors significantly associated with persistence at bivariate analysis of HPV include previous sexually transmitted infection (STI) (p=0.005), HIV positivity (p=0.04), HIV positivity but no anti-retroviral drugs (p=0.014), HPV 16 infection (p&lt;0.0001) and age less than 40 years (p&lt;0.0001). At multinomial logistic regression, only age above 17 years at first sexual intercourse (p=0.003, CI=0.012-0.392) and multiple lifetime sexual partners (p=0.021, CI=0.20-0.726) were statistically significant.<br>Conclusion: High risk HPV infection, in addition to other factors peculiar to an individual may influence HPV persistence<br><strong>Key words</strong>: cervical cancer, human papillomavirus, persistence, cytology, risk factors, infection</p> <p>&nbsp;</p> <p><em><strong>French Title: Persistance de l'infection cervicale par le papillomavirus humain parmi une cohorte de femmes à Awka, Nigéria</strong></em></p> <p><strong>Contexte</strong>: De nombreuses femmes sont connues pour contracter une infection au virus du papillome humain (VPH) au cours de leur vie, mais seules quelques-unes développent un cancer du col de l'utérus. L'un des principaux facteurs qui contribuent au développement du cancer du col de l'utérus est la persistance du VPH. Plusieurs autres facteurs, y compris la charge virale, ont été impliqués dans le développement du cancer du col de l'utérus. Ce travail vise donc à étudier la persistance de l'infection cervicale au VPH parmi la cohorte de femmes à Awka, au Nigeria.</p> <p><strong>Méthodologie:</strong> Une cohorte de 58 femmes avec un test de Papanicolaou (Pap) normal mais un ADN HPV positif sélectionné parmi une population de 410 femmes au départ ont été suivis sur une période de 6 mois d'avril à octobre 2015. Les échantillons cervicaux collectés ont été soumis à l'ADN HPV. test et quantification virale à l'aide de la PCR en temps réel TaqMan et de la cytologie cervicale. Les facteurs de risque ont été obtenus à l'aide de questionnaires semi-structurés administrés par les intervieweurs. Les variables ont été analysées à l'aide de statistiques descriptives et d'un test T sur IBM SPSS statistics version 21.0 et EPI INFOTM 7.0</p> <p><strong>Résultats:</strong> Au suivi de 6 mois, l'infection cervicale au VPH persistait chez 29 femmes, soit 50% des femmes suivies. Parmi les 29 femmes, 7 (24,1%) ont développé un test Pap anormal (lésion squameuse intraépithéliale de bas grade). Les facteurs significativement associés à la persistance lors de l'analyse bivariée du VPH comprennent les antécédents d'infection sexuellement transmissible (IST) (p=0,005), la positivité au VIH (p=0,04), la positivité au VIH mais pas d'antirétroviraux (p=0,014), l'infection au VPH 16 (p&lt;0,0001) et moins de 40 ans (p&lt;0,0001). Lors de la régression logistique multinomiale, seuls les âges supérieurs à 17 ans lors du premier rapport sexuel (p=0,003, IC=0,012-0,392) et les multiples partenaires sexuels à vie (p=0,021, IC=0,20-0,726) étaient statistiquement significatifs.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Une infection au VPH à haut risque, en plus d'autres facteurs propres à un individu, peut influencer la persistance du VPH</p> <p><strong>Mots clés:</strong> cancer du col de l'utérus, papillomavirus humain, persistance, cytologie, facteurs de risque, infection</p> <p>&nbsp;</p> C.U. Ezebialu I.U. Ezebialu C.C. Ezenyeaku Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 344 351 10.4314/ajcem.v22i3.5 Hepatitis B virus infection among pregnant women on antenatal visits: rapid tests or ELISA? <p><strong>Background</strong>: Hepatitis B virus (HBV) infection is a global public health challenge with over 360 million people infected worldwide, and is one of the leading causes of death worldwide. The hepatitis B surface antigen (HBSAg) is the most important marker for HBV screening, and HBSAg rapid screening test methods are the most widely used compared with the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) and nucleic acid testing methods. The objectives of this study are to evaluate the comparative efficacy of rapid test kits and ELISA for HBV screening among pregnant women on antenatal visits and to screen for other HBV serological markers among HBsAg positive patients.</p> <p><strong>Methodology</strong>: This is a cross-sectional study of 172 pregnant women who were recruited consecutively on their first antenatal visit at the University College Hospital, Ibadan, Nigeria between November 2018 and February 2019. All participants were screened for HBsAg using both rapid immunochromatographic test (ICT) and ELISA techniques. HBsAg negative samples were further screened for anti-HBeAg/Ab, anti-HBcAg and anti-HBs by ELISA. Socio-demographic data of the participants were obtained using a semi-structured questionnaire, and data were analyzed using EPI INFO 7.2 statistical software.</p> <p><strong>Results</strong>: The prevalence rate of HBsAg among pregnant women in this study was 10.5% (18/172). The sensitivity, specificity, accuracy, positive predictive value (PPV) and the negative predictive value (NPV) of the rapid ICT kit were 72.2%, 97.4%, 94.8%, 76.5% and 96.8% respectively. Level of education, previous history of sexually transmitted infections (STIs) and previous positive HBV results were significantly associated with HBsAg seropositivity. Majority of the pregnant women (66.9%) tested negative to all the serological markers.</p> <p><strong>Conclusion:</strong> The low efficacy of rapid ICT kits compared to ELISA justifies the need to develop a safer antenatal screening strategy for HBV by combining the use of the less sensitive rapid screening techniques with the more sensitive ELISA method to limit vertical transmission of hepatitis B virus.</p> <p><strong>Keywords</strong>: Hepatitis B virus; Rapid ICT kits; ELISA; pregnant women</p> <p>&nbsp;</p> <p><em><strong>French title: Infection par le virus de l'hépatite B chez les femmes enceintes en consultation prénatale: tests rapides ou ELISA?</strong></em></p> <p><strong>Contexte</strong>: L'infection par le virus de l'hépatite B (VHB) est un défi de santé publique mondial avec plus de 360 million de personnes infectées dans le monde et est l'une des principales causes de décès dans le monde. L'antigène de surface de l'hépatite B (HBSAg) est le marqueur le plus important pour le dépistage du VHB, et les méthodes de test de dépistage rapide HBSAg sont les plus largement utilisées par rapport aux méthodes de test immuno-enzymatique (ELISA) et d'acide nucléique. Les objectifs de cette étude sont d'évaluer l'efficacité comparative des kits de tests rapides et de l'ELISA pour le dépistage du VHB chez les femmes enceintes lors de consultations prénatales et de dépister d'autres marqueurs sérologiques du VHB chez les patients AgHBs positifs.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Il s'agit d'une étude transversale de 172 femmes enceintes qui ont été recrutées consécutivement lors de leur première visite prénatale à l'Hôpital Universitaire, Ibadan, Ibadan, Nigéria entre novembre 2018 et février 2019. Tous les participants ont été dépistés pour l'AgHBs en utilisant les deux tests immuno-chromatographiques rapides (TIC) et techniques ELISA. Les échantillons négatifs à l'AgHBs ont en outre été criblés pour l'anti-HBeAg/Ab, l'anti-HBcAg et l'anti-HBs par ELISA. Les données sociodémographiques des participants ont été obtenues à l'aide d'un questionnaire semi-structuré et les données ont été analysées à l'aide du logiciel statistique EPI INFO 7.2.</p> <p><strong>Résultats:</strong> Le taux de prévalence de l'HBSAg chez les femmes enceintes dans cette étude était de 10,5% (18/172). La sensibilité, la spécificité, la précision, la valeur prédictive positive (VPP) et la valeur prédictive négative (VPN) du kit ICT rapide étaient respectivement de 72,2%, 97,4%, 94,8%, 76,5% et 96,8%. Le niveau d'éducation, les antécédents d'infections sexuellement transmissibles (IST) et les résultats positifs antérieurs pour le VHB étaient significativement associés à la séropositivité de l'AgHBs. La majorité des femmes enceintes (66,9%) ont été testées négatives pour tous les marqueurs sérologiques.</p> <p><strong>Conclusion:</strong> La faible efficacité des kits TIC rapides par rapport à l'ELISA justifie la nécessité de développer une stratégie de dépistage prénatal plus sûre du VHB en combinant l'utilisation des techniques de dépistage rapide moins sensibles avec la méthode ELISA plus sensible pour limiter la transmission verticale du virus de l'hépatite B.</p> <p><strong>Mots clés</strong>: virus de l'hépatite B; Kits TIC rapides; ELISA; femmes enceintes</p> A. Fowotade S.O. Adetunji E. Amadi I.O. Ishola E.C. Omoruyi Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 352 358 10.4314/ajcem.v22i3.6 Prevalence of occult hepatitis B virus infection among blood donors in Ouagadougou, Burkina Faso <p><strong>Background</strong>: In Burkina Faso, the polymerase chain reaction (PCR) assay is not routinely used in the biological qualification of blood donations and this constitutes a risk factor for the transmission of occult hepatitis B virus (HBV) infection during blood transfusion. The objective of this study is to determine the prevalence of occult B infection (OBI) among blood donors for the purposes of improved blood safety in Burkina Faso.</p> <p><strong>Methodology</strong>: A descriptive cross-sectional study of 300 HBsAg negative blood donors was conducted in the city of Ouagadougou, Burkina Faso from April to October 2020. Anti-HBc antibody was determined using the BOSON® brand rapid tests. HBV DNA was detected in 75 selected donors by real-time PCR (rt PCR) using the 7500 Fast Real Time PCR assay technique.</p> <p><strong>Results</strong>: Of the 300 HBsAg negative donors, 208 (69.3%) were males while 92 (30.7%) were females, with average age of 30.18 years. Anti-HBc antibody was detected in 39 cases (13%). Of the 75 donor samples tested by rt PCR, 3 (4%) were positive for HBV DNA (occult B infection); 2 of which were anti-HBc antibody positive (seropositive OBI) while 1 was anti-HBc antibody negative (seronegative OBI).</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Given the prevalence of OBI of 4% in this study and its consequences in blood recipients, it appears necessary that in addition to the classic serological markers of hepatitis B, to test for the presence of HBV DNA among blood donors in order to improve transfusion safety.</p> <p><strong>Keywords:</strong> Prevalence, Occult B infection; Blood donors, Ouagadougou.</p> <p>&nbsp;</p> <p><strong><em>French title: Prévalence de l'infection occulte par le virus de l'hépatite B chez les donneurs de sang à Ouagadougou, Burkina Faso</em></strong></p> <p><strong>Contexte:</strong> Au Burkina Faso, la polymérase chain réaction (PCR) n’est pas utilisée lors de la qualification biologique des dons et cela constitue un facteur de risque de transmission de l’Infection Occulte du virus B (VHB) lors des transfusions sanguines. L’objectif de cette étude était de déterminer la prévalence de l’infection occulte B chez les donneurs de sang en vue d’une meilleure sécurité transfusionnelle.</p> <p><strong>Méthodologie:</strong> Une étude transversale prospective, réalisée d’avril à octobre 2020 dans la ville de Ouagadougou incluant 300 donneurs de sang AgHBs négatif. L’anticorps anti HBc a été déterminé par les tests rapides de marque BOSON®. L’ADN du VHB a été recherché chez 75 donneurs par PCR en temps réel (rt PCR) avec le 7500 Fast Real Time PCR.</p> <p><strong>Résultats</strong>: Parmi les 300 donneurs AgHBs négatifs, 208 (69,3%) étaient des hommes et 92 (30,7%) des femmes. L’âge moyen était de 30,18 ans. La recherche de l’Ac anti-HBc était positive dans 39 cas (13 %). Parmi les 75 échantillons passés à la rt PCR, 3 (4%) étaient positifs pour l’ADN du VHB. Sur les 3 cas d’ADN VHB positifs, 2 (66,67%) étaient positifs Ac anti HBc et 1 (33,33%) Ac anti HBc négatif.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Compte tenu de la prévalence de l’infection occulte B et ses conséquences chez les donneurs de sang et chez les receveurs, il devient nécessaire de rechercher, en plus des marqueurs sérologiques classiques de l’hépatite B, l’ADN VHB pour une meilleure sécurité transfusionnelle.</p> <p><strong>Mots clés</strong>: Prévalence, Infection occulte de l’HBV, Donneurs de sang, Ouagadougou</p> <p>&nbsp;</p> A. Ky/Ba M. Sanou A.S. Ouédraogo I.B. Sourabié A.Y. Ky I. Sanou R. Ouédraogo/Traoré L. Sangaré Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 359 364 10.4314/ajcem.v22i3.7 Molecular detection and characterization of bacteria from CSF samples of patients with suspected cerebrospinal meningitis in parts of northern Nigeria using metagenomic DNA extracts <p><strong>Background:</strong> The most commonly used approaches for detection and characterization of bacterial pathogens of meningitis in developing countries include culture, Gram stain, and latex agglutination. The positivity rate of culture is relatively low due to suboptimal storage and transportation conditions, culture practice, and/or antibiotic treatment administered before specimens are collected. Specimens that yield no growth in culture can still be analyzed using molecular methods, and metagenomic DNA (mDNA) extracted directly from clinical samples (CSF) can be used. We aimed to detect and characterize three major bacterial causes of cerebrospinal meningitis (CSM); <em>Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, </em>and<em> Streptococcus pneumoniae</em> using mDNA extracted directly from CSF samples. Methodology: Metagenomic DNA templates were prepared directly from CSF specimens collected from 210 patients with suspected CSM. A multiplex Real Time PCR (mRT-PCR) using the ABI StepOne Plus Machine and Taqman Probe chemistry was used in the molecular detection, while serogroup/serotype-specific singleplex RT-PCR was used to characterize all positives samples. Results: Eighty-eight (41.9%) of the 210 samples were positive with the mRT-PCR assay for one or a combination of two of the three bacteria. Of these, 59 (67.1%) were <em>N. meningitidis</em>, 2 (2.3%) were <em>H. influenzae</em>, 3 (3.4%) were<em> S. pneumoniae,</em> 15 (17 %) had co-infections of<em> N. meningitidis</em> with <em>H. influenzae</em>, and 9 (10.2%) had co-infections of <em>H. influenzae</em> and <em>S. pneumoniae</em>. The serogroups of <em>N. meningitidis</em> encountered were A (13.5%), B (23%), C (8.1%), W135 (8.1%), X (5.4%), Y (32.4%), and non-groupable (9.5%). The serotypes of H. influenzae were Hia (3.8%), Hib (57.7%), Hic (3.85%), Hie (11.5%) and Hif (23.1%). The serotypes of S. pneumoniae were Wxy1 (8.3%), Wxy4 (33.3%), Wxy5 (50.0%), and Wxy9 (8.3%). <strong>Conclusion</strong>: Multiplex RT-PCR is a fast and accurate method for detecting and characterizing serogroups/serotypes of major bacteria implicated in CSM. Isolating DNA directly from CSF improves turnaround time, which will speed up patient care and management.</p> <p><strong>Keywords</strong>: Cerebrospinal meningitis, metagenomic DNA, multiplex Real Time PCR, Northern Nigeria</p> <p>&nbsp;</p> <p><strong><em>French title: Détection moléculaire et caractérisation de bactéries à partir d'échantillons de LCR de patients suspectés de méningite cérébrospinale dans certaines parties du nord du Nigéria à l'aide d'extraits d'ADN métagénomique</em></strong></p> <p>&nbsp;</p> <p><strong>Contexte</strong>: Les approches les plus couramment utilisées pour la détection et la caractérisation des agents pathogènes bactériens de la méningite dans les pays en développement comprennent la culture, la coloration de Gram et l'agglutination au latex. Le taux de positivité de la culture est relativement faible en raison des conditions de stockage et de transport sous-optimales, des pratiques de culture et/ou du traitement antibiotique administré avant le prélèvement des échantillons. Les échantillons qui ne donnent pas de croissance en culture peuvent toujours être analysés à l'aide de méthodes moléculaires, et l'ADN métagénomique (ADNm) extrait directement d'échantillons cliniques (LCR) peut être utilisé. Nous visions à détecter et à caractériser trois causes bactériennes majeures de la méningite cérébrospinale (CSM); <em>Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae</em> et<em> Streptococcus pneumoniae</em> à l'aide d'ADNm extrait directement d'échantillons de LCR.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Des matrices d'ADN métagénomique ont été préparées directement à partir d'échantillons de LCR prélevés sur 210 patients suspects de CSM. Une PCR multiplex en temps réel (mRT-PCR) utilisant la chimie de la machine ABI StepOne Plus et de la sonde Taqman a été utilisée pour la détection moléculaire, tandis que la RT-PCR monoplex spécifique au sérogroupe/sérotype a été utilisée pour caractériser tous les échantillons positifs.</p> <p><strong>Résultats</strong>: Quatre-vingt-huit (41,9%) des 210 échantillons étaient positifs avec le test mRT-PCR pour une ou une combinaison de deux des trois bactéries. Parmi ceux-ci, 59 (67,1%) étaient <em>N. meningitidi</em>s, 2 (2,3%) étaient H. influenzae, 3 (3,4%) étaient <em>S. pneumonia</em>e, 15 (17%) avaient des co-infections de <em>N. meningitidis</em> avec <em>H. influenzae</em> et 9 (10,2%) avaient des co-infections à <em>H. influenzae </em>et<em> S. pneumoniae</em>. Les sérogroupes de <em>N. meningitidis</em> rencontrés étaient A (13,5%), B (23%), C (8,1%), W135 (8,1%), X (5,4%), Y (32,4%) et non groupables (9,5%). Les sérotypes de <em>H. influenzae</em> étaient Hia (3,8%), Hib (57,7%), Hic (3,85%), Hie (11,5%) et Hif (23,1%). Les sérotypes de<em> S. pneumoniae</em> étaient Wxy1 (8,3%), Wxy4 (33,3%), Wxy5 (50,0%) et Wxy9 (8,3%).</p> <p><strong>Conclusion</strong>: La RT-PCR multiplex est une méthode rapide et précise de détection et de caractérisation des sérogroupes/sérotypes des principales bactéries impliquées dans le CSM. Isoler l'ADN directement du LCR améliore le temps de traitement, ce qui accélérera les soins et la gestion des patients.</p> <p><strong>Mots clés:</strong> méningite cérébro-spinale, ADN métagénomique, PCR multiplex en temps réel, nord du Nigéria</p> I.C. Peletiri E.I. Ikeh G.M. Ayanbimpe E. Nna Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 365 376 10.4314/ajcem.v22i3.8 A retrospective study of antibiotic resistance patterns of bacterial pathogens isolated from patients in two Lebanese hospitals for two consecutive years (2018 and 2019) <p><strong>Background:</strong> Misuse of antibiotics is the leading factor promoting emergence of bacterial resistance, a situation that has become a serious public health challenge. Among the leading bacteria that have developed resistance to antibiotics are <em>Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae </em>and<em> Pseudomonas aeruginosa,</em> which have caused infections in patients, resulting in considerable mortality. The objective of this retrospective study was to assess antibiotic resistance rates of bacterial pathogens isolated from clinical specimens in two Lebanese hospitals between the years 2018 and 2019.</p> <p><strong>Methodolog</strong>y: Bacteria isolated from routine clinical specimens collected from hospitalized patients in two hospitals, Haroun and Bekaa, in Lebanon for 2018 and 2019, were analyzed. Bacteria isolation and identification were carried out at the laboratory of each hospital using conventional microbiological methods. Antimicrobial susceptibility testings (AST) of each bacterial isolate to antibiotics were performed by the disc diffusion test and interpreted using EUCAST, CLSI or WHO/AST guidelines. Comparisons of the mean resistance rates of each isolate to individual antibiotics by year of isolation were done using the Z-test and p&lt; 0.05 was considered statistically significant.</p> <p><strong>Results:</strong> There were a total of 1698 bacteria isolates recovered from hospitalized patients in the two hospitals for 2018 and 2019, of which 87.5% were Gram-negative and 12.5% were Gram-positive bacteria. The most frequent among the Gram-negative isolates was <em>E. coli</em> (66.1%) followed by <em>P. aeruginosa</em> (13.3%), <em>K. pneumoniae</em> (7.7%), <em>Proteus mirabilis</em> (6.7%) and <em>Enterobacter spp</em> (6.3%), while coagulase positive <em>staphylococci</em> CoPS (68.4%) and <em>E. faecalis</em> (31.6%) were the two Gram positive isolates. Of the Gram-negative isolates over the two-year period, 72.2% of <em>E. coli</em> and 76.3% of <em>K. pneumoniae</em> were resistant to ceftazidime, 93% of <em>P. mirabilis</em> to colistin, and 98% of Enterobacter to cefoxitin, but low resistance rates were demonstrated by <em>E. coli</em> to imipenem (1%), <em>K. pneumoniae</em> to tigecycline and amikacin (0.9%), <em>P. mirabilis</em> to imipinem (2%), and Enterobacter to amikacin, ertapenem and tigecycline (3%). Resistance of <em>P. aeruginosa</em> varied between 2% to colistin and 24% to levofloxacin. For the Gram-positive bacteria, 79.1% of <em>E. faecalis</em> were resistant to erythromycin while 70% of CoPS were resistant to cefoxitin, but no isolate was resistant (0%) to linezolid, and only 1% to teicoplanin. Except for Enterobacter spp that showed significant increase in resistance rates (by 250%) to piperacillin/tazobactam in 2019 over 2018, resistance rates of other Gram-negative isolates significantly decreased in 2019 compared to 2018 (p&lt;0.05). For the Gram-positive isolates, resistance rates to many antibiotics tested significantly increased (by a factor of 36.5 - 2569%) in 2019 compared to 2018 among <em>E. faecalis</em> isolates in contrast to the rates for CoPS which significantly decreased by 16.7 - 65.7%, except for penicillin G which increased by a factor of 123%.</p> <p><strong>Conclusion:</strong> Overuse and misuse of antibiotics, which is possible because of the easy access of the populace to these drugs, is a leading factor contributing to the high antibiotic resistance rates in this study. There is need to promote awareness of antimicrobial resistance in Lebanon among students especially in non-health related majors and enactment of govermental policy that will limit access to antibiotics.</p> <p><strong>Keywords</strong>: antibiotic resistance; changing pattern; hospitalized patients; retrospective</p> <p>&nbsp;</p> <p><em><strong>French title: Une étude rétrospective des profils de résistance aux antibiotiques de pathogènes bactériens isolés de patients dans deux hôpitaux libanais pendant deux années consécutives (2018 et 2019)</strong></em></p> <p><strong>Contexte</strong>: La mauvaise utilisation des antibiotiques est le principal facteur favorisant l'émergence de la résistance bactérienne, une situation qui est devenue un sérieux défi de santé publique. Parmi les principales bactéries qui ont développé une résistance aux antibiotiques figurent <em>Staphylococcus aureus, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa,</em> qui ont provoqué des infections chez les patients, entraînant une mortalité considérable. L'objectif de cette étude rétrospective est d'évaluer les taux de résistance aux antibiotiques des pathogènes bactériens isolés à partir d'échantillons cliniques dans deux hôpitaux Libanais entre les années 2018 et 2019.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Les isolats bactériens prélevés sur des patients hospitalisés dans deux hôpitaux, Haroun et Bekaa, au Liban pour 2018 et 2019, ont été analysés. L'isolement et l'identification des bactéries ont été réalisés au laboratoire de chaque hôpital en utilisant des méthodes microbiologiques conventionnelles. Les tests de sensibilité aux antimicrobiens (AST) de chaque isolat bactérien aux antibiotiques ont été réalisés par le test de diffusion sur disque et interprétés selon les directives EUCAST, CLSI ou WHO/AST. Des comparaisons des taux moyens de résistance de chaque isolat à des antibiotiques individuels par année d'isolement ont été effectuées à l'aide du test Z et p&lt;0,05 a été considéré comme statistiquement significatif.</p> <p><strong>Résultats</strong>: Il y a eu un total de 1698 isolats de bactéries récupérés de patients hospitalisés dans les deux hôpitaux durant 2018 et 2019, dont 87,5% étaient à Gram négatif et 12,5% étaient des bactéries à Gram positif. Les isolats à Gram négatif les plus fréquents étaient <em>E. coli</em> (66,1%), suivis de P. aeruginosa (13,3%), K. pneumoniae (7,7%), Proteus mirabilis (6,7%) et Enterobacter spp (6,3%), tandis que les staphylocoques à coagulase positive CoPS (68,4%) et E. faecalis (31,6%) étaient les deux isolats Gram positifs. Parmi les isolats à Gram négatif sur la période de deux ans, 72,2% d'<em>E. coli</em> et 76,3% de <em>K. pneumoniae</em> étaient résistants à la ceftazidime, 93% de <em>P. mirabilis</em> à la colistine et 98% d'Enterobacter à la céfoxitine, mais faible les taux de résistance ont été démontrés par <em>E. col</em>i à l'imipénem (1%), <em>K. pneumoniae</em> à la tigécycline et à l'amikacine (0,9%), <em>P. mirabilis</em> à l'imipinem (2%) et Enterobacter à l'amikacine, à l'ertapénem et à la tigécycline (3%). La résistance de <em>P. aeruginosa</em> variait entre 2% à la colistine et 24% à la lévofloxacine. Pour les bactéries Gram positif, 79,1% des <em>E. faecalis</em> étaient résistantes à l'érythromycine tandis que 70% des CoPS étaient résistantes au céfoxitin, mais aucun isolat n'était résistant (0%) au linézolide et seulement 1% à la teicoplanine. À l'exception d'Enterobacter spp qui ont montré une augmentation significative des taux de résistance (de 250%) à la&nbsp; pipéracilline/tazobactam en 2019 par rapport à 2018, les taux de résistance des autres isolats à Gram négatif ont considérablement&nbsp; diminué en 2019 par rapport à 2018 (p&lt;0,05). Pour les isolats Gram-positifs, les taux de résistance à de nombreux antibiotiques testés ont augmenté de manière significative (d'un facteur de 36,5 à 2569%) en 2019 par rapport à 2018 parmi les isolats d'E. faecalis contrairement aux taux de CoPS qui ont significativement diminué de 16,7 à 65,7%, à l'exception de la pénicilline G qui a augmenté d'un facteur de 123%.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: la surutilisation et la mauvaise utilisation des antibiotiques, ce qui est possible en raison de l'accès facile de la population à ces médicaments, est l'un des principaux facteurs contribuant aux taux élevés de résistance aux antibiotiques dans cette étude. Il est nécessaire de promouvoir la sensibilisation à la résistance aux antimicrobiens au Liban parmi les étudiants, en particulier dans les spécialisations non liées à la santé, et la promulgation d'une politique gouvernementale qui limitera l'accès non contrôlé aux antibiotiques.</p> <p><strong>Mots clés</strong>: résistance aux antibiotiques; changement de modèle; patients hospitalisés; rétrospective</p> S. Sakr M. Abboud K. Tawbeh B. Hamam I. Sheet Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 377 390 10.4314/ajcem.v22i3.9 Bioinformatic analysis of multi-drug resistant class 1 integron-coded protein of <i>Citrobacter freundii</i> <p><strong>Background:</strong> The understanding of the secondary structure of the class 1 integron coded protein is necessary to decipher potential drug target and also to infer evolutionary ancestry at the proteomic level. This study was therefore aimed at determining the secondary structure of class 1 integron-coded protein and also to provide information on their evolutionary ancestry.</p> <p><strong>Methodology</strong>: Five different sequences of <em>Citrobacter freundii</em> with the following accession numbers; KP902625.1, KP902624.1, KP902623.1, KP901093.1 and KP902609.1 were obtained using nucleotide BLAST (http://blast. and subjected to evolutionary analysis, pairwise distance calculation, secondary structure and neutrality test using MEGA explorer, Kimura 2 parameter, SOPMA tool and Tajima’s test respectively.</p> <p><strong>Results</strong>: Results of the NCBI queries revealed significant identity with class 1 integron of the studied <em>Citrobacter freundii.</em> The nucleotide sequence alignment depicted several conserved regions with varying degree of transitions, transversions, insertions, and deletions while the amino acid sequences of the nucleotides showed 42 conserved sites among all the sequences. The secondary structure of the class 1 integron coded protein depicted significant representation of the random coil (43.74±3.24), alpha helix (25.69±6.29) and the extended strands (22.42±2.41) than the beta turns (8.15±1.12). The Tajima’s Neutrality test of five nucleotide sequences of <em>Citrobacter freundii</em> analyzed by considering the first, second and third codons as well as the non-coding regions revealed a total of 127 positions in the final datasets while the Tajima’s Neutrality test was estimated to be -0.1038.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: The study confirmed common evolutionary ancestor for the class 1 integron coded protein found in <em>Citrobacter freundii</em>. Our study also documents the higher representation of random coil, alpha helix and extended strands than the beta turns. The negative value of the Tajima’s neutrality test suggests higher levels of both low and high frequency polymorphisms thus indicating a decrease in the class 1 integron population size and balancing selection</p> <p><strong>Keywords:</strong> Evolutionary, Protein structure, Class 1 integrons, <em>Citrobacter freundii</em></p> O.D. Popoola B.T. Thomas Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 391 396 10.4314/ajcem.v22i3.10 Antibacterial activity and time kill kinetics of Amlodipine, Thioridazine and Promethazine against pathogenic clinical bacterial isolates <p><strong>Background:</strong> The emergence of multi-drug resistant bacterial strains worldwide has necessitated the scientific search for novel, potent, and affordable antimicrobial agents including medicinal plants and non-antibiotic drugs for therapy of infectious diseases. The objective of this study is to assess in vitro antibacterial activities and time kill kinetics of some non-antibiotic drugs against pathogenic clinical bacterial isolates.<br><strong>Methodology</strong>: In vitro antibacterial activities including minimum inhibitory concentration (MIC), minimum bactericidal concentration&nbsp; (MBC) and time kill kinetics of Amlodipine (AML), Thioridazine (THI) and Promethazine (PRO) against<em> Staphylococcus aureus,</em> coagulase negative <em>staphylococci (</em>CoNS), <em>Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa </em>clinical isolates were determined using disc diffusion, broth microdilution and plate count techniques.<br><strong>Results</strong>: The mean growth inhibition zones by the disc diffusion assay of AML, THI and PRO against the isolates were ≤15.1±1.0 mm with MIC and MBC values ranging from 12.5 to 50μg/ml and 25 to 100μg/ml respectively. The time-kill assay revealed bactericidal effect of AML, THI and PRO on Gram positive bacteria evidenced by mean log reductions in viable bacterial cell counts ranging from 0.13 Log10 to 2.41 Log10 CFU/ml for <em>S. aureus,</em> 0.88 Log10 to 2.08 Log10 CFU/ml for <em>Streptococcus spp</em>, and 0.26 Log10 to 2.34 Log10 CFU/ml for CoNS after ≤30hrs post inoculation at 1xMIC. The range of log reduction in viable cell counts of Gram-negative bacteria exposed to AML, THI and PRO were E. coli (0.11 to 3.23 Log10 CFU/ml), <em>P. aeruginosa</em> (0.52 to 2.56 Log10 CFU/ml), <em>K. pneumoniae</em> (0.85 to 3.0 Log10 CFU/ml) and&nbsp; <em>Enterobacter spp</em> (0.38 to 2.08 Log10 CFU/ml) after ≤30 hrs post inoculation at 1x MIC.<br><strong>Conclusion:</strong> These findings demonstrate in vitro antibacterial efficacies and time kill kinetics of AML, THI and PRO against pathogenic clinical bacterial isolates, which indicate that these non-antibiotic drugs may be useful therapeutic alternatives in the bid to reduce the burden of infectious diseases associated with antibiotic resistant pathogens.</p> <p><strong>Keywords</strong>: Amlodipine, Thioridazine, Promethazine, Time-Kill, Kinetics, MIC, MBC, bacteria</p> <p>&nbsp;</p> <p><em><strong>French title: Activité antibactérienne et cinétique de destruction du temps de l'amlodipine, de la thioridazine et de la prométhazine contre les isolats bactériens cliniques pathogènes</strong></em></p> <p><strong>Contexte:</strong> L'émergence de souches bactériennes multirésistantes dans le monde a rendu nécessaire la recherche scientifique d'agents antimicrobiens nouveaux, puissants et abordables, notamment des plantes médicinales et des médicaments non antibiotiques pour le traitement des maladies infectieuses. L'objectif de cette étude est d'évaluer les activités antibactériennes in vitro et la cinétique de destruction temporelle de certains médicaments non antibiotiques contre les isolats bactériens cliniques pathogènes.</p> <p><strong>Méthodologie:</strong> activités antibactériennes in vitro, y compris la concentration minimale inhibitrice (CMI), la concentration bactéricide minimale (MBC) et la cinétique de destruction du temps de l'amlodipine (AML), de la thioridazine (THI) et de la prométhazine (PRO) contre<em> Staphylococcus aureus</em>, les staphylocoques à coagulase négative (CoNS),<em> Streptococcus spp, Escherichia coli, Enterobacter spp, Klebsiella pneumoniae</em> et <em>Pseudomonas aeruginosa</em> ont été déterminés en utilisant des techniques de diffusion sur disque, de microdilution en bouillon et de numération sur plaque.</p> <p><strong>Résultats:</strong> Les zones moyennes d'inhibition de la croissance par le test de diffusion de disque d'AML, THI et PRO contre les isolats étaient ≤15,1±1,0mm avec des valeurs MIC et MBC allant de 12,5 à 50μg/ml et de 25 à 100μg/ml respectivement. Le dosage temporel a révélé un effet bactéricide de la LMA, du THI et du PRO sur les bactéries Gram positives, mis en évidence par des réductions logarithmiques moyennes du nombre de cellules bactériennes viables allant de 0,13 Log10 à 2,41 Log10 CFU/ml pour <em>S. aureus,</em> 0,88 Log10 à 2,08 Log10 CFU/ml pour <em>Streptococcus spp</em> et 0,26 Log10 à 2,34 Log10 CFU/ml pour CoNS après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC. La plage de réduction logarithmique du nombre de cellules viables de bactéries à Gram négatif exposées à la LMA, au THI et au PRO était <em>E. coli</em> (0,11 à 3,23 Log10 CFU/ml), <em>P. aeruginosa</em> (0,52 à 2,56 Log10 CFU/ml), <em>K. pneumoniae</em> (0,85 à 3,0 Log10 CFU/ml) et <em>Enterobacter spp</em> (0,38 à 2,08 Log10 CFU/ml) après ≤ 30 heures après l'inoculation à 1 x MIC.</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Ces résultats démontrent une efficacité antibactérienne in vitro et une cinétique de destruction du temps des LMA, THI et PRO contre les isolats bactériens cliniques pathogènes, ce qui indique que ces médicaments non antibiotiques peuvent être des alternatives thérapeutiques utiles dans le but de réduire le fardeau des maladies infectieuses associées aux antibiotiques pathogènes résistants.</p> <p><strong>Mots-clés:</strong> Amlodipine, Thioridazine, Prométhazine, Time-Kill, Cinétique, MIC, MBC, bactéries</p> <p>&nbsp;</p> O.J. Akinjogunla A.N. Umo M.F. Alozie G.O. Oshosanya G.I. Saturday Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 397 406 10.4314/ajcem.v22i3.11 Differences in haematological parameters and haemoglobin phenotypes in symptomatic and asymptomatic subjects with <i>Plasmodium falciparum</i> infection in parts of Kaduna metropolis, Nigeria <p><strong>Background</strong>: <em>Plasmodium falciparum</em> is the leading cause of malaria morbidity and mortality in Nigeria with varied symptoms and haematological consequences. The objective of this study is to assess the differences in haematological parameters and haemoglobin phenotypes in symptomatic P. falciparum infected and apparently healthy asymptomatic individuals in parts of Kaduna metropolis.<br><strong>Methodology</strong>: A total of 1000 subjects; 500 symptomatic and 500 apparently healthy subjects asymptomatic for malaria, were recruited from selected hospitals and National Blood Bank in Kaduna metropolis. Blood samples were collected for thick and thin film microscopy to determine malaria parasitaemia and parasite species identification respectively. Haematological parameters were determined using automated blood analyser (KX-21N, Sysmex, Japan) and haemoglobin phenotypes by alkaline cellulose acetate electrophoresis.<br><strong>Results:</strong> Of the 1000 subjects recruited, 347 (34.7%) were positive for <em>P. falciparum</em> on blood film, which included 226 (45.2%) of 500 symptomatic and 121 (24.2%) of 500 asymptomatic subjects (p&lt;0.00001). Of the 347 <em>P. falciparum</em> infected subjects, 275 (79.3%) had HbAA, 61 (17.6%) had HbAS, 1 (0.3%) had HbAC, 8 (2.3%) had HbSS, and 2 (0.6%) had HbSSf phenotypes. One hundred and sixty-three (72.1%) of the 226 symptomatic subjects had HbAA while 112 (92.6%) of the 121 asymptomatic subjects had HbAA, which indicated a significantly higher frequency of asymptomatic malaria in subjects with HbAA (p&lt;0.00001). Conversely, 53 (23.5%) of the 226 symptomatic subjects had HbAS while 8 (6.6%) of 121 asymptomatic subjects had HbAS, indicating a significantly higher frequency of symptomatic malaria in subjects with HbAS (p=0.000086). The frequency of parasitaemia &gt; 3,000 parasites/μL of blood was 100% for HbSSf, 25% for HbSS, 8.2% for HbAS and 2.2% for HbAA, which showed significantly higher frequency in subjects with HbSS (X<sup>2</sup>=7.5989, p=0.0054) and HbAS (X<sup>2</sup>=3.9627, p=0.046519) compared to HbAA. In symptomatic subjects, only MCHC value was significantly higher in subjects with HbAS (33.21±2.430) compared to those with HbAA (32.09 ±2.315) (p=0.003), while all other haematological parameters were not significantly different (p&gt;0.05). In asymptomatic subjects, none of the haematological parameters was significantly different between subjects with HbAS and HbAA (p&gt;0.05).<br><strong>Conclusion:</strong> Although the frequency of <em>P. falciparum</em> infection in this study is generally higher in subjects with HbAA, symptomatic infection and higher parasite density are associated with HbAS, HbSS and HbSSf. Effective utilisation of personal preventive measures by inhabitants, in addition to current malaria control and intervention strategies should be adequately implemented in Kaduna metropolis.</p> <p><strong>Keywords:</strong> Haematological parameters, haemoglobin, electrophoresis, <em>Plasmodium falciparum,</em> malaria</p> <p>&nbsp;</p> <p><strong><em>Différences dans les paramètres hématologiques et les phénotypes d'hémoglobine chez les sujets symptomatiques et asymptomatiques</em> atteints d'une infection à Plasmodium falciparum dans certaines parties de la métropole de Kaduna, Nigéria</strong></p> <p>&nbsp;</p> <p><strong>Contexte</strong>: Plasmodium falciparum est la principale cause de morbidité et de mortalité liées au paludisme au Nigéria avec des symptômes et des conséquences hématologiques variés. L'objectif de cette étude est d'évaluer les différences de paramètres hématologiques et de phénotypes d'hémoglobine chez des individus symptomatiques infectés par <em>P. falciparum</em> et asymptomatiques apparemment en bonne santé dans certaines parties de la métropole de Kaduna.</p> <p><strong>Méthodologie:</strong> Un total de 1000 sujets; 500 sujets symptomatiques et 500 sujets apparemment sains asymptomatiques pour le paludisme ont été recrutés dans certains hôpitaux et dans la Banque nationale du sang de la métropole de Kaduna. Des échantillons de sang ont été prélevés pour la microscopie à couche épaisse et mince afin de déterminer respectivement la parasitémie du paludisme et l'identification des espèces de parasites. Les paramètres hématologiques ont été déterminés à l'aide d'un analyseur sanguin automatisé (KX-21N, Sysmex, Japon) et des phénotypes d'hémoglobine par électrophorèse sur acétate de cellulose alcaline.</p> <p><strong>Résultats:</strong> Sur les 1000 sujets recrutés, 347 (34,7%) étaient positifs pour <em>P. falciparum</em> sur frottis sanguin, qui comprenait 226 (45,2%) de 500 sujets symptomatiques et 121 (24,2%) de 500 sujets asymptomatiques (p&lt;0,00001). Sur les 347 sujets infectés par P. falciparum, 275 (79,3%) avaient HbAA, 61 (17,6%) avaient HbAS, 1 (0,3%) avaient HbAC, 8 (2,3%) avaient HbSS et 2 (0,6%) avaient des phénotypes HbSSf. Cent soixante-trois (72,1%) des 226 sujets symptomatiques avaient une HbAA tandis que 112 (92,6%) des 121 sujets asymptomatiques avaient une HbAA, ce qui indiquait une fréquence significativement plus élevée de paludisme asymptomatique chez les sujets avec HbAA (p&lt;0,00001). À l'inverse, 53 (23,5%) des 226 sujets symptomatiques avaient une HbAS tandis que 8 (6,6%) des 121 sujets asymptomatiques avaient une HbAS, indiquant une fréquence significativement plus élevée de paludisme symptomatique chez les sujets avec HbAS (p=0,000086). La fréquence de parasitémie&gt; 3000 parasites / μL de sang était de 100% pour l'HbSSf, 25% pour l'HbSS, 8,2% pour l'HbAS et 2,2% pour l'HbAA, ce qui a montré une fréquence significativement plus élevée chez les sujets atteints d'HbSS (X<sup>2</sup>=7,5989, p=0,0054) et HbAS (X<sup>2</sup>=3,9627, p=0,046519) par rapport à l'HbAA. Chez les sujets symptomatiques, seule la valeur MCHC était significativement plus élevée chez les sujets avec HbAS (33,21±2,430) par rapport à ceux avec HbAA (32,09±2,315) (p=0,003), tandis que tous les autres paramètres hématologiques n'étaient pas significativement différents (p&gt;0,05). Chez les sujets asymptomatiques, aucun des paramètres hématologiques n'était significativement différent entre les sujets avec HbAS et HbAA (p&gt;0,05).</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Bien que la fréquence des infections à P. falciparum dans cette étude soit généralement plus élevée chez les sujets atteints d'HbAA, une infection symptomatique et une densité parasitaire plus élevée sont associées à l'HbAS, l'HbSS et l'HbSSf. Une utilisation efficace des mesures de prévention personnelle par les habitants, en plus des stratégies actuelles de lutte antipaludique et d'intervention, devrait être mise en oeuvre de manière adéquate dans la métropole de Kaduna.</p> <p><br><strong>Mots clés:</strong> Paramètres hématologiques, hémoglobine, électrophorèse, <em>Plasmodium falciparum,</em> paludisme</p> K.B. Dikwa D.B. Maikaje U.A. Yahaya A.B. Suleiman Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 407 414 10.4314/ajcem.v22i3.12 Evidence of virological failure in patients on second-line anti-retroviral therapy in Southwestern Nigeria: An indication for HIV drug resistance testing <p><strong>Background:</strong> In sub-Saharan Africa where genotypic anti-retroviral (ARV) drug resistance testing is rarely performed and poor adherence is blamed for the inability to achieve viral suppression and treatment failure, programmatic approaches to preventing and handling these are essential. This study was aimed at assessing the virological outcomes among HIV patients receiving second-line anti-retroviral therapy (ART) in Southwestern Nigeria.<br><strong>Methodology:</strong> This was a 5-year observational retrospective study of randomly selected people living with HIV (PLWHIV) who have been switched to second-line ART for at least six months before the commencement of the study in multiple comprehensive ART sites across the three levels of care, in Ondo and Ekiti States, Southwestern Nigeria, from January 2015 to December 2019. Quantitative viral load analysis was done using polymerase chain reaction (PCR) assay. Data were analyzed using the Statistical Package for Social Sciences (SPSS) version 24.0.<br><strong>Results:</strong> A total of 249 (71 males and 178 females) subjects eligible for the study were recruited using simple random sampling technique. The mean age (± SD) of the subjects was 44.21 ± 11.45 years. The mean number of years the patients have been on ART regimen was 7.92 ± 2.68 years. The mean number of years the patients were on first line ART regimen before being switched to second line was 4.27 ± 2.63 years. Patients with viral load &lt;1000 RNA copies/ml (suppressed viral load) were 216 (86.7%) out of which 113 (45.4%) had viral load &lt;20 RNA copies/ml while 33 (13.3%) had viral load &gt;1000 RNA copies/ml (unsuppressed viral load or virological failure).<br><strong>Conclusion</strong>: About 13% of the patients on second line ART had unsuppressed viral load of more than 1000 RNA copies/ml indicating virological failure. Thus, critical factors such as poor adherence to ART and drug resistance chiefly contributing to virological failure have to be routinely checked.</p> <p><strong>Keywords:</strong> suppression, ART, resistance, virological, failure, Nigeria</p> <p>&nbsp;</p> <p><strong><em>French title: Preuve d'échec virologique chez les patients sous traitement antirétroviral de deuxième intention dans le sud-ouest du Nigeria: une indication pour le test de résistance aux médicaments contre le VIH</em></strong></p> <p>&nbsp;</p> <p><strong>Contexte</strong>: En Afrique subsaharienne, où les tests génotypiques de résistance aux antirétroviraux (ARV) sont rarement effectués et où une mauvaise observance est imputée à l'incapacité d'obtenir la suppression virale et l'échec du traitement, des approches programmatiques pour les prévenir et les gérer sont essentielles. Cette étude visait à évaluer les résultats virologiques chez les patients VIH recevant un traitement antirétroviral (TAR) de deuxième intention dans le sud-ouest du Nigeria.</p> <p><strong>Méthodologie</strong>: Il s'agissait d'une étude rétrospective d'observation de 5 ans portant sur des personnes vivant avec le VIH (PVVIH) sélectionnées au hasard et passées à un TAR de deuxième intention pendant au moins six mois avant le début de l'étude dans plusieurs sites de TAR complets aux trois niveaux. de soins, dans les États d'Ondo et d'Ekiti, dans le sud-ouest du Nigéria, de janvier 2015 à décembre 2019. L'analyse quantitative de la charge virale a été effectuée à l'aide d'un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les données ont été analysées à l'aide du logiciel Paquet statistique pour les sciences sociales (SPSS) version 24.0.</p> <p><strong>Résultats:</strong> Un total de 249 (71 hommes et 178 femmes) sujets éligibles à l'étude ont été recrutés à l'aide d'une technique&nbsp; d'échantillonnage aléatoire simple. L'âge moyen (± ET) des sujets était de 44,21±11,45 ans. Le nombre moyen d'années pendant lesquelles les patients ont été sous traitement antirétroviral était de 7,92±2,68 ans. Le nombre moyen d'années pendant lesquelles les patients étaient sous traitement antirétroviral de première ligne avant de passer en deuxième ligne était de 4,27 ± 2,63 ans. Les patients avec une charge virale &lt;1000 copies d'ARN/ml (charge virale supprimée) étaient 216 (86,7%) dont 113 (45,4%) avaient une charge virale &lt;20 copies d'ARN/ml tandis que 33 (13,3%) avaient une charge virale &gt;1000 ARN copies/ml (charge virale non supprimée ou échec virologique).</p> <p><strong>Conclusion</strong>: Environ 13 % des patients sous TAR de deuxième ligne avaient une charge virale non supprimée de plus de 1000 copies d'ARN/ml indiquant un échec virologique. Ainsi, les facteurs critiques tels qu'une mauvaise adhésion au TARV et la résistance aux médicaments contribuant principalement à l'échec virologique doivent être systématiquement vérifiés.</p> <p><strong>Mots clés</strong>: suppression, TAR, résistance, virologique, échec, Nigeria</p> <p>&nbsp;</p> S.O. Usman O.M. Ajayi O. Ebiekura N. Egbonrelu G. Ebhojie A.O. Ariyo Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 415 419 10.4314/ajcem.v22i3.13 Non-enteric adenovirus among children with gastroenteritis in Warri, Southern Nigeria <p>No Abstract.</p> F. Osazuwa W. Johnson H.S. Grobler Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 420 421 10.4314/ajcem.v22i3.14 Corrigendum: Antimicrobial Stewardship Implementation in Nigerian Hospitals: Gaps and Challenges <p>No Abstract.</p> U. Udoh O.O. Oduyebo S.S. Taiwo S.O. Samuel C.N. Akujobi C.J. Ejembi I.I. Osaigbovo M.M. Manga A. Ekuma P. Oshun Y. Mohammed N.. Adedosu K.C. Iregbu A.T.O. Awopeju M.R. Suleiman S.A. Shettima C. Elikwu I.N. Nwafia Y.J. Peter N.S. Uwaezuoke C.D. Umeokonkwo N. Medugu P.I. Nwajiobi-Princewill Copyright (c) 2021-07-02 2021-07-02 22 3 422 422 10.4314/ajcem.v22i3.15