Diagnostic de <i>Begomovirus</i> associes aux systemes de cultures a base du manioc (<i>Manihot esculenta</i> Crantz) par la PCR (Polymerase Chain Reaction) au Togo

Abstract

L’une des conséquences de la propagation des biotypes très polyphages de Bemisia tabaci, est probablement l’émergence de nouvelles espèces de Begomovirus associées aux changements climatiques. Cette étude a été initiée pour identifier ces agents pathogènes au sein des systèmes de cultures à base du manioc à travers tout le Togo afin d’avoir plus d’information sur les Begomovirus émergents. Ainsi des échantillons foliaires de manioc, de dix plantes associées au manioc en cultures mixtes et de diverses plantes sauvages collectés durant la période de 2013-2016, ont été soumis à un diagnostic PCR pour la détection des Begomovirus de façon générale et plus spécifiquement pour l’identification des Begomovirus de la mosaïque du manioc. À cet effet cinq couples d’amorces spécifiques ciblant le gène de la CP des Begomovirus ont été utilisés notamment JSP001/JSP002, JSP001/JSP003, JSP012/JSP013, ICMV-F2/ICMV-R2 et AC1048/AV494. Les résultats ont montré la présence effective de Begomovirus dans les cinq régions économiques du Togo. Avec l’amorce AC1048/AV494 des Begomovirus ont été identifié dans 50 % (soja), 26,31 % (piment), 19,15 % (manioc), 13,63 % (tomate), 9,09 % (corète potagère), et 5 % (plantes sauvages). Deux espèces de Begomovirus de la mosaïque du manioc ACMV et EACMV ont également été identifiées. Le taux d’incidence individuel de ACMV est de 36,17 % sur le manioc et celui de EACMV est de 20,21 % sur le manioc et 10.53 % sur le piment. C’est la première fois que des Begomovirus sont détectés dans des échantillons de la corète potagère et EACMV sur le piment au Togo. Cette étude contribuera à l’avancé des connaissances sur les maladies induites par des Begomovirus transmis par les mouches blanches, Bemisia tabaci.

Mots clés:  Begomovirus, Bemisia tabaci, diagnostic, manioc, PCR, système

English Title: Diagnosis of Begomoviruses associated with cassava  (Manihot esculenta Crantz)-based cropping systems by  PCR (Polymerase Chain Reaction) in Togo

English Abstract

One of the consequences of the spread of highly polyphagous Bemisia tabaci biotypes is probably the emergence of new begomovirus species associated with climate change. This study is conducted to identify theses pathogen agents within cassava based cropping systems throughout Togo in order to get more information about emerged begomoviruses. Thus, Foliar samples of cassava, ten intercropped plants with cassava in fields and various wild plants collected during the period 2013-2016 are submitted to PCR diagnosis for the detection of begomoviruses in general and more specifically for the detection of cassava mosaic begomoviruses. For this purpose, five specific primer pairs targeting begomoviruses CP gene were used, in particular JSP001/JSP002, JSP001/JSP003, JSP012/JSP013, ICMV-F2/ICMV-R2 and AC1048/AV494. Results showed the effective presence of begomoviruses in the five economic regions of Togo. With AC1048/AV494 primers begomoviruses are found in 50 % (soybean), 26.31 % (pepper), 19.15 % (cassava), 13.63 % (tomato), 9.09 % (jute), and 5 % (wild plants). Two species of cassava mosaic begomoviruses ACMV and EACMV are also identified. The individual incidence rate for ACMV is 36.17 % in cassava and EACMV is 20.21 % in cassava and 10.53 % in pepper. This is the first report of begomoviruses in jute samples and EACMV in pepper in Togo. This study will contribute to the advancement of knowledge on begomoviruses-induced diseases transmitted by whiteflies, Bemisia tabaci.

Keywords: Begomovirus, Bemisia tabaci, diagnosis, cassava, PCR, system